first commit
This commit is contained in:
CrazyJasonwell
+169
@@ -0,0 +1,169 @@
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title: obsidian撰写草稿
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date: 2022-03-21 18:39:22
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status: complete
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excerpt: 越来越进入正题了，从初学者的角度，尽可能克制地讲一点必要的东西，比如写一个草稿，标题段落列表插图超链接什么的，应该是足够了。
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tags: []
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rating: ⭐⭐
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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```ad-info
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title: 友情提示
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当您已经知晓如何使用格式化日志tracking事务之后，我强烈建议您从任一条 track 出发，创建相关的草稿以记录更多内容。此部分预估耗时15分钟。
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### 从日志出发撰写草稿
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当您在写日志时，有些事情一句话就讲完了，有些事情却难以在 Tracking 部分描述清楚。
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![[列表缩进.gif]]
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为了解决这个问题，您可以使用「列表缩进」，用来分条陈述更多细节。如上图所示，在某一行直接回车，然后按`Tab`键即可缩进。
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如果内容实在太多，您希望用单独的一个页面来详细记录，那么可以直接输入两次 `【` 即可自动转换为 `[[`，然后再输入新页面的名称并补全两个中括号，比如`[[这是一个新页面]]`, 这就创建了一个页面链接。您可以按住 Ctrl 点击该链接，直接按照设定好的[[草稿模板]]新建一个页面，并跳转到该草稿页面。
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### front-matter
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草稿是正在进行时，为了方便后续的一些信息聚合和自动化操作，所以 front-matter 内容稍多。草稿是根据[[草稿模板]]自动创建的，从[[草稿模板]]中可以看到 front-matter 的信息：
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- title，标题，在创建草稿页面时根据文件名自动生成
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- date，日期，自动填充的草稿创建日期。
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- excerpt，摘要，一般是对草稿内容做一句话概括，可以完成后填写。
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- tags，标签，多个标签用空格隔开。
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- rating，评分，使用⭐表情
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- status（草稿状态）默认为 inprogress，完成了请修改为 complete，草稿临时存放于 `/01-Diary/本周事务`
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- destination，使用相对vault根目录的相对路径，比如该草稿属于项目A，你应当填写`/03-Projects/项目A`，后续可以使用 `quickAdd: 📒草稿归档` 命令对 `01-Diary/本周事务` 目录下的草稿实现**自动归档**。
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- share （是否分享），所有草稿默认是不公开分享的，如果有需要手动修改为 true。
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- obsidianUIMode，有 source 和 preview 两个选项，如果你希望此页面每次打开优先是预览模式，可修改为 preview。
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在 front-matter 之后，草稿一片空白，可供您自由发挥。
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title: short link 使用方法
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destination 的路径可以使用 short link，比如`03-Projects/01-项目名称` 可以基于**文件夹数字前缀**简写为 `03-01`，此时使用`quickAdd: 📒草稿归档` 命令，也能够实现正确的归档。因此你可以采取统一的`{数字前缀}-{文件夹名称}`的方式创建新文件夹。注意数字前缀不要超过2个字符，从00到99，以及0到9都是允许的。
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### markdown基本语法
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obsidian 编辑使用 markdown 语法，其实非常简单，通过一些符号标记就可以完成样式的声明，然后让浏览器按照主题样式渲染出漂亮美观的效果。
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1. 首先是**标题**。在草稿中，我建议您使用「三级标题」作为每个小片段的标题，因为它的大小比较合适。而语法标记就是行首输入`###`，空格之后输入标题内容。
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2. 然后是**段落**。obsidian中`换行再空一行`就会生成新的段落。一个段落只包含一个事情，一个说明即可。所以完全可以一句话就是一段，像写诗一样也是好的。电子笔记不费纸，多点空白不要紧。
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3. 接着是**列表**。没有什么能比「分条缕析」更加清楚，所以尽可能地使用列表。如果是无序列表，行首使用`-`再空一格；如果是有序列表则是`1.`再空一格开始写。退出列表只需要回车两次即可。
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4. 有时候要**强调**某些关键词，您可以先鼠标选中内容，然后按快捷键 `Ctrl+B` 就是**加粗**，按 `Ctrl+I` 就是*倾斜*，如果要`行内代码`就输入「\`」号。
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5. 还有时候要**插入网络链接**，这个其实跟 word 文档中很像，选中要插入超链接的内容，按快捷键 Ctrl+K，然后会自动添加符号如`[您选中的内容]()`，光标会进入括号中，您直接粘贴url地址即可。
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```ad-tip
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title: 标题的作用
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细心的你会发现，标题是可以折叠的。这一点当你的草稿很长的时候非常有用。写完一小节就可以折叠起来。
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### 文本样式调整
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本模板库在 ***v1.7*** 版本后可使用「增强编辑」插件实现对文本样式的调整。建议您先完成内容，再调整格式。此时可点击 obsidian 界面右下角的<span style="background:#97ca16">格式刷</span>，选择指定样式后去刷想要修改样式的文本，如H<sub>2</sub>O，调整结束后再点击格式化按钮即可取消格式刷。
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### 插入图片
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这里推荐配合 Snipaste 截屏工具使用（详见后续章节：[[Snipaste - 超好用的截图工具]]），当使用该工具截取屏幕之后，图片被复制到粘贴板，您只需要在草稿中按下` Ctrl+V` 即可完成图片的插入，obsidian 会将粘贴板中的图片拷贝到附件目录（`08-Assets`），并且自动生成指向该附件的链接，如下所示：
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![[Pasted image 20220321194108.png]]
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注意插入的图片`![[image.png]]`最好独占一行，而且前后均有空行。
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#### 图片细节样式控制
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本模板库使用的 [Blue Topaz 主题](https://github.com/cumany/Blue-topaz-examples)提供了丰富的对内容样式的调整方法。如果想控制图片的大小，可以是：
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`![[img.png|300]]`
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此时图片的宽度显示为 300 px。如果想插入 figure caption，建议如下操作：
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`![[img.png#center|figure 1. 这是一张图表|500]]`
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简单说明一下，图片文件名后面跟的 `#center` 指明了图片至于中间的位置，然后接下来 `|` 后面就是图注内容，再到后面则是指定显示宽度。
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如果你想并排显示多张图片，可以像下面这样弄：
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`![[img1.png|+grid]] ![[img2.png|+grid]]`
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只要把图片后面跟一个 `+grid` 的说明即可。
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当你对图片的样式进行了调整之后，只能用 obsidian 自带的导出 pdf 才会维持这种样式。如果是通过自定义的方式 导出为 word 和 html，会出现报错。
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### 插入表格
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markdown 中输入表格一直都不大方便，不过在 obsidian 中情况还不是那么糟糕。具体而言，你只要会输入`|` 符号就可以了。
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![[输入表格-1.gif]]
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%%此处录屏转为gif使用的screen2gif工具%%
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换行就 Enter，自动帮你创建与 column name 对齐的竖线，然后在后续行输入数据的时候，切换列只需要按 Tab 键就可以了。具体实现效果如下：
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| a | b | c |
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|:---:|:---:|:---:|
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| 1 | 2 | 3 |
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| 3 | 5 | 4 |
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事实上得益于插件，你还可以直接在 obsidian 中对表格进行计算，下载表格中的数据另存为 csv文件。但是这里限于篇幅不做过多讲述，感兴趣的朋友可自行查看插件列表。
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### 插入其它附件
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除了可以在草稿中插入图片，您还可以插入视频，音频等多媒体文件。您可以通过快捷键 `Ctrl+E` 进行「全局预览」并播放。当然也可以按住 Ctrl 键，将鼠标悬停于这些附件链接上方实现「局部预览」。
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《原神·晨曦酒庄-陈致逸》
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![[陈致逸,HOYO-MiX - Dawn Winery Theme 晨曦酒庄.mp3]]
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> 仅支持 mp3 音频文件在预览模式下播放
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《原神·游戏片段截取》
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![[PM.mp4]]
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> 仅支持 mp4 格式视频文件在预览模式下播放
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事实上，其它任何类型的文件都可以插入。而且方式非常简单，都是直接把文件拖入草稿编辑区域。然后附件都会保存到 `08-Assets` 附件目录中。如果您是从该附件目录中拖入的文件，则会自动复制一个附件副本，所以需要格外注意。
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### 修改默认编辑模式
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我习惯于传统的纯文本的编辑模式，这对于内容编辑有着精准的控制，而且不会因为实时渲染而产生比较大的计算开销，使用起来会很流畅。
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但是在一些特殊场景中，比如[[../3-obsidian做课题/撰写论文草稿]]时，需要看着 figure 进行具体的描述，这个时候就需要实时预览了。
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![[Pasted image 20220331162123.png]]
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如上图所示，你可以随时修改**默认编辑模式**。
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![[Pasted image 20220331162910.png]]
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### 多使用分节小标题
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当草稿内容比较多的时候，建议对于表达一个意思的段落内容直接使用分节小标题，这样有利于信息的快速提取，方便后期review时高效定位。而且本模板库继承了 Topaz 主题的 floating-toc 插件，在编辑模式下可以在页面左侧显示悬浮目录。
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![[floating-toc.gif]]
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### 完善front-matter
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与日志类似（详见[[开箱写日志#完善日志信息]]），当您完成了草稿的主体内容之后，请完善 front-matter 中的信息。这个步骤略有繁琐，但是却是非常必要的步骤，因为这是第一次对最原始的文本草稿数据进行汇总整理，有利于后续自动化的信息聚合（参见[[每周定期汇总小结]]）。
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title: 下节预告
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根据实际场景，大家不大可能一天二十四小时对着电脑工作。所以日志的撰写，还有移动端的需求。下一部分内容将介绍如何使用obsidian移动客户端辅助日志草稿。
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+108
@@ -0,0 +1,108 @@
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title: zotero-obsidian联动配置
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date: 2022-03-21 15:16:11
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status: complete
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excerpt: 果然完成这个内容又花费了一个小时，所以以后可以按照一小时一节的效率来安排时间。
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tags: []
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rating: ⭐
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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title: 友情提示
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在[[软件下载安装]]完成后，我们需要完成一些配置以实现zotero和obsidian的联动，估计耗时10分钟。
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### 模板库目录结构说明
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- 00-MOC：内容地图，主要存放dataview查询表
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- 01-Diary：存放模板化的每日日志，其中每周事务是看板笔记默认存放地
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- 02-Reading：存放文献库和文献阅读笔记
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- 03-Projects：按各种实际的项目分类存储相关笔记
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- 06-Cards: 主要存放一些卡片
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- 07-Archives：时间久远而且已经结束的project可以进行存档
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- 08-Assets：存放附件，包括插图、视频、以及各种其它文件
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- 09-Templates： 存放笔记模板
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### zotero 设置
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![[Pasted image 20220322201722.png]]
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打开 zotero 之后，点击菜单栏的 「编辑」，然后选择「首选项」，进入到 zotero 的设置当中。如上图所示，需要对箭头所示的地方做修改。
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特别需要注意的是「高级」中的`链接附件根目录` 和 `数据存储位置` 的路径设置。前者必须是 vault 库中存放 pdf 的子目录。
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本教程 vault 根目录为 `X:\projects\working`，而`\08-Assets\pdfs`是存在于该 vault 中的子目录，专门保存文献条目的 pdf 附件。设置正确的路径后我们在选择使用`相对路径`，这对于后面调用 zotfile 插件很关键。
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数据存储位置您可以选择默认（如果C盘够大）或者指定一个其它不在 vault 中的目录。
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### zotfile插件安装和设置
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如果你经常用iPad看文献，且有较强的多平台多设备云同步的需求，建议不要使用zotfile插件，这并不会影响本模板库的使用。
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![[Pasted image 20220321154948.png]]
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zotfile 是 zotero 中最强大的插件，点击 zotero 菜单栏的「工具」> 「插件」，可以进入插件管理器，然后点开齿轮，选择从文件安装插件。插件为`.xpi`后缀的文件，在[[软件下载安装]]中已经提及。后面的 mdnotes 和 better bibtex 插件的安装同此操作。
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![[Pasted image 20220322201929.png]]
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然后对 zotfile 插件进行设置。点击 zotero 菜单栏的「工具」就能看到 zotfile 的插件设置选项。如上图所示，对箭头所指内容进行修改。
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注意**将 pdf下载的临时目录设置为桌面**，以后可以从网上直接下载 pdf 到桌面，再选择pdf对应的文献条目，右键单击后选择`Attach New File`，调用该插件可以自动把 pdf 重命名并转移到**指定目录**（`\08-Assets\pdf`)去，并且创建指向 pdf 的链接。
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### mdnotes 插件安装与设置
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![[Pasted image 20220322202038.png]]
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同 zotfile 的安装方式，其设置选项也在zotero 菜单栏的「工具」中可见，点开后如上图所示做修改，尤其要注意路径的设置。注意 mdnotes 导出目录为 `02-Reading/mdnotes`，而 mdnotes 的模板存放于 `08-Assets/Scripts` 中。
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### better bibtex 插件安装与设置
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![[Pasted image 20220321155719.png]]
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插件安装同 zotfile，但是其设置选项已经被整合到 zotero 首选项中了（说明是个更加高级的大插件）。在这个地方，我们需要修改 citation key 的格式，如上图所示：就作者加年份即可。
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此外，还需要修改 Export > Quick-Copy 中的格式为 Roam Cite Key。这样当你使用快捷键 `Ctrl+Shift+C` 从 zotero 中拷贝文献，就会拷贝一个 Roam Cite Key 格式的内容出来。
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![[Pasted image 20220321160208.png]]
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然后再到「导出」选项中修改 zotero 的便捷复制，选择 Better BibTex Quick Copy: Roam Cite Key，就大功告成了。
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如某篇文献的 citation key 是 `xxd2022`，那么对应的 Roam Cite Key 就是 `[[@xxd2022]]`，然后你把这个 Roam Cite Key 直接粘贴到 obsidian 中就完成了引文的插入，非常便捷。
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### 导出「我的文库」到 Vault
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![[Pasted image 20220321161118.png]]
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如上图所示，在完成了上述提及的三个插件的设置之后，我们可以右键点击「我的文库」，然后选择「导出文献库」，并且选择 Better BibLaTeX 的格式并 Keep updated。导出到 **指定目录**（`\08-Assets\Scripts`）去，注意文件名修改为英文`MyLibrary`。
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### bib文件检查
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完成了上述配置和操作后，请注意检查，在目录`X:\projects\working\08-Assets\Scripts`下应当存在以下文件：
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- **MyLibrary.bib**：与 zotero 文献库同步的 bib 文件，由 better bibtex 插件导出并维持更新
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- acs-nano.csl：引文格式文件，用于生成 acs nano style 的 bibliography
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- markdown.css：html样式文件，用于将笔记导出为 html
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- Mdnotes Default Template.md：mdnotes笔记模板文件
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- template.docx：用于将笔记导出word文档的模板
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- paper2docx.py：导出笔记为docx和html 的python代码
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### 关于坚果云同步的说明
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此模板库由于本人从不用iPad看文献做笔记的原因，zotero 的附件使用 zotfile 存储于 `08-Assets/pdfs` 目录中，暂时无法使用坚果云 WebDAV 服务实现zotero iPad 和 Desktop 的同步。如果你基本是使用 Zotero iPad 看文献，并且使用坚果云进行同步pdf附件。**不要使用 zotfile 插件即可**。
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title: 下节预告
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到这里，基本上所有的安装和配置已经弄完了，接下来我们就可以愉快地开始使用 obsidian 了。详见下一节[[开箱写日志]]。
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page:: 2
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Executable
+71
@@ -0,0 +1,71 @@
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title: 使用手机撰写日志
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date: 2022-03-22 08:13:34
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status: complete
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excerpt: 这个部分只是作为补充，但又有必要说，因为移动输入也是刚需。
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tags: []
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rating: ⭐⭐
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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title: 友情提示
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obsidian 同时有 Android 和 iOS 版本的 app。所以如果电脑不在身边，您完全可以使用手机撰写日志。此部分内容预估10分钟。
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### 下载安装移动版obsidian
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苹果的应用商店可以直接搜索到 obsidian，可以直接安装。对于普通安卓手机用户，或许也可以从应用商店下载，但是我使用的华为手机鸿蒙系统的应用商店没有，所以自己在网上找的 apk 手动安装。
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- 安卓版obsidianAPP：可到[obsidian移动端模板库Release](https://github.com/sheldonxxd/obsidian_mobile_vault_template/releases/tag/v1.0)中下载。
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### 下载移动版obsidian模板库
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由于手机app与部分插件不兼容，而且手机app中一般仅作为随手日志的用途，所以在此教程前面所提及的模板库上进行了精简，仅保留了您已经掌握的「写日志」和「写草稿」的工作流程。您可以在 Release 页面中搜索「mobile_vault_template」找到压缩包下载解压即可。如果您查看的是本教程的草稿版本，那么下方的文件链接是有效的：
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- [obsidian移动端轻量模板库](https://github.com/sheldonxxd/obsidian_mobile_vault_template)
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因为有着相同的「写日志」工作流程，使用此页体积的轻量级模板库之后，能够与电脑上的 vault 库在操作上和内容格式上尽可能保持一致。
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### USB连接手机并传输文件
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![[Pasted image 20220322084040.png]]
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手机安装好 obsidian 之后，您可以把「**轻量模板库**」中的内容复制到手机内部存储中，比如我放在 `/Documents` 目录中并重命名为 sheldon。
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### 打开Vault并完成初始化设置
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打开手机上的 obsidian，第一次使用需要一些同意协议和权限，修改界面语言。同样地需要关闭安全模式以启用第三方插件。
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![[Pasted image 20220322094808.png]]
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如上图左所示，为了丝滑地**使用 quickAdd 命令（在任意区域下拉即可唤起）**，您还需要设置快捷命令。手机操作界面仍然分为三个部分，虽然竖屏只能显示一部分，但是左右滑动可以切换。
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### 手机客户端的内容编辑
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与之前介绍的「写日志」流程一样，您可以使用 QuickAdd 中的 Tracking 命令快速记录下闪念笔记。也可以从日志中创建其它草稿。
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与电脑客户端不同，手机客户端提供了快捷输入栏，方便您创建双链、插入图片以及设置文本样式等等。另外您也可以通过手机输入法提供的「语音转文字」输入功能快速写入文本。
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### 手机内容同步至电脑
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obsidian 移动客户端仍然把所有资料存储于手机本地，而云同步是付费服务。但是考虑到桌面客户端使用的完整模板库内容更加庞大复杂，我并不推荐您使用云同步的方式解决此问题。
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正确的做法是手动定期同步。我建议您只把 obsidian 作为补充性质的临时记录工具，仅在不得不需要记录而电脑不在身边的情况下使用。
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我个人的做法是，一般当天写 excerpt 摘要之前，就会直接把手机日志或草稿中的内容复制粘贴，通过微信发送到电脑，然后粘贴到桌面 vault 库中。
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有些童鞋可能会采取 split 的方案，日志什么的统一放到手机上写，而其它部分放到电脑中。这种方案我也曾尝试过一段时间，感觉非常割裂。它使得「一切从日志出发」的理念无法丝滑地实现。所以我也不建议。
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title: 下节预告
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当日志和草稿积累起来之后，我强烈建议您每周定期整理小结一次。所以这就是我们下一章节的主要内容了。
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+149
@@ -0,0 +1,149 @@
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title: 在obsidian中写幻灯片
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date: 2022-03-22 12:27:26
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excerpt: 这篇就直接就按照幻灯片的方式来写吧
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tags:
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- ppt
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rating: ⭐⭐⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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%%这就是第一张封面，不需要多么花里胡哨，title、author、date信息有了就够了%%
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### 在obsidian中写幻灯片
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sheldonxxd
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2022年3月22日
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### 简洁明了最重要
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![[Pasted image 20220322124645.png]]
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一张 slide 一张图，一句话足矣。
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### 幻灯片规则
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- 使用三级标题
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- 每张幻灯片用 `---` 隔开
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- 就这么简单。
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### 幻灯片预览
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![[Pasted image 20220322125059.png|600]]
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按快捷键`Ctrl+Shift+E` 可以调用插件开启预览。
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### 调整插图大小
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![[Pasted image 20220322125339.png]]
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上一页slide的插图就有点大
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可以在插图链接后添加`|width`实现。
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### 字体高亮
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![[Pasted image 20220322125620.png]]
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有时候需要对关键词做高亮处理。
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「ZH编辑增强插件」提供了快捷键。
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选中文本按 <span style="background-color:#ff0000">Ctrl+Alt+数字</span> 即可。
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### 在浏览器中查看
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![[Pasted image 20220322125725.png]]
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幻灯片预览面板可以选择在浏览器中打开。
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### 切换幻灯片
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![[幻灯片播放.gif]]
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键盘上的方向键就可以实现幻灯片的切换。
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### 幻灯片播放的其它快捷键
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- `F`：focus，全屏展示
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- `C`：打开画笔，可以标注
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- `D`：可以下载画笔标记数据
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- `S`：Speaker，演讲者模式
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- `V`：暂停播放
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- `M`：Menu
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- `O`：Overview
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- `Alt+Click`：放大
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### 导出独立幻灯片文件
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![[Pasted image 20220322130547.png]]
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如上图所示，操作步骤如下：
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1. 点击幻灯片预览面板的选项
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2. 点击 Export as html后关闭预览，切换到幻灯片编辑草稿面板
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3. 可以看到在 vault 根目录生成了一个 folder
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4. 运行 QuickAdd: PPT导出 命令
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5. 在桌面的 obsidian-slides 目录中可以看到被导出的html
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6. 您可以把整个 obsidian-slides 文件夹拷贝到U盘
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7. 然后到其它设备使用网络浏览器播放
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```
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### 导出为pdf
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![[Pasted image 20220324150712.png|500]]
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同上张片子，但选择 <span style="background-color:#ff0000">Print Presentation</span>，
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会自动跳转到浏览器去打印，注意配置，打印到桌面即可。
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### obsidian幻灯片的优势
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1. 幻灯片仍然是文本，易于内容搜索和管理
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2. 减少使用其它软件按编辑体验的割裂感
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3. 导出独立HTML只要有浏览器就能播放
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4. 专注于内容，无需担心排版错误
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5. 有助于养成简洁风格「一图一句一张片」
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6. 轻松撰写公式，如 $y = x_{1}\times\frac{\pi}{\lambda}$
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### 重要提醒
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此类幻灯片仅作为草稿和非正式场合使用，
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如果需在比较重要的场合展示，建议使用`quickAdd:👑导出笔记`将草稿和相关素材导出后，
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在 Powerpoint 或 Keynote 此类软件中进一步编辑。
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page:: 7
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Executable
+93
@@ -0,0 +1,93 @@
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title: 开箱写日志
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date: 2022-03-21 16:45:19
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status: complete
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excerpt: 写日志可以非常简单，就是一个按键的事情。
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tags: []
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rating: ⭐⭐
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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```ad-info
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title: 友情提示
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在安装配置完成后，您可以打开模板库开始撰写第一批日志了。
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```
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### 用obsidian打开模板库
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当你第一次打开 obsidian，务必打开自己已经解压并重命名好的模板库，如`X:\projects\working`
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![[Pasted image 20220321164743.png]]
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就这一次，obsidian 会记录位置。下次就会自动打开这个库。
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### 关闭安全模式
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![[Pasted image 20220321165012.png]]
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如果你是第一次打开带有大量第三方插件的模板库，obsidian 会弹出提示，询问你是否要关闭安全模式，请务必关闭，否则插件不能使用。
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### 修改界面语言
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![[Pasted image 20220321165131.png]]
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第一次使用 obsidian 默认界面是英语，你可以在首选项（左侧边栏最底下的小齿轮`⚙`）中，进入到关于`About` 进行修改，如上图所示。我相信由于我使用中文撰写的教程，应该用户估计以汉语为母语的为多数，改过来还是方便一点。
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### 用户界面概览
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![[Pasted image 20220331150701.png]]
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然后你会看到如上图所示的总体软件界面，看上去有点复杂，很多按钮面板什么的。我们暂时都不用理会，这里只是放上来让大家有个整体印象。
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### 创建日记
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![[Pasted image 20220321165826.png]]
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一个快捷键就够了，请按`Ctrl+Q`，它会唤起 QuickAdd 的下拉菜单面板。直接点击`⏱️随手记记`进行当天的日志记录。
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![[Pasted image 20220321170113.png]]
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此时会弹出一个多行输入的窗口，你可以写上一段话。作为某种闪念笔记。或者记录当下的任何内容。点击「OK」之后，日志流程被启动，今天的日志页面会被自动按照设定好的模板（[[日志模板]]）创建出来。而刚刚输入的内容会被添加到日志页面的 Tracking 部分。
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![[Pasted image 20220321170310.png]]
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你可以使用快捷键 `Alt+T` 跳转到今日的日志页面，也可以直接点击日历进入。可以看到，这种闪念记录，以时序列表的方式被记录下来，还带有时间戳。
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### 日志结构介绍
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日志页面结构上主要分为三大部分，从上到下分别是：
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- front matter（前言）：记录了这个日志的一些 meta-info，比如自动填充的日期（date），标签（tags），摘要（excerpt）以及评分（rating）。
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- ![[Pasted image 20220321170925.png]]
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- TODO：主要是今天要做的事情。将光标至于末尾直接回车会新建一个今天的小任务。如果任务已经完成，光标至于该任务item所在行，按快捷键 `Ctrl+Enter` 即可自动打`×`。
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- ![[新建todo.gif]]
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- Tracking：用于记录闪念笔记吧，随便写，按照时间顺序排列。
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### 完善日志信息
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在一天结束之前，我强烈建议您花五分钟回顾一下今日日志记载内容，并在 front-matter 中完善相关信息，比如标签（tags），摘要（excerpt）以及评分（rating）。这样做有利于后续的信息聚合整理流程（参见[[每周定期汇总小结]]）。
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### 把日志当朋友
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当一天结束，您可以清楚地看到自己今天完成的事情以及分时记录的各种内容，看一看回顾一下，是否会产生某种充实感呢？
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当然了，即便今天很多时候在摸鱼，在不受控制地放纵自我，只要你**如实地定时地记录**了下来，这种反思与回顾也能够帮助你尽快走出困境。
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此外也要注意「过犹不及」的情况：如果你啰里啰唆整天正事不干，总是在日志里输入一些没有营养的内容，而不去解决真正实际的问题，日志如果会说话恐怕就要嘲笑你了。根据我的经验，**每天不超过10条 track ，每条 track 不超过 140字是比较合适的**（平均一小时一条）。
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总之，您完全可以把这个 vault 当作是最值得信赖的朋友，请畅所欲言，不要有丝毫顾忌。因为所有的数据都存储于本地，您拥有对它的绝对控制权。
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```ad-info
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title: 下节预告
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写日志就是这么简单，日积月累，积少成多，当日志变多了之后就可以写周小结。周小结再次进行汇总又可以是月总结。不过接下来，您需要掌握一些基础的markdown语法和编辑技巧，以便撰写出图文并茂的笔记。
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```
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page:: 3
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+44
@@ -0,0 +1,44 @@
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title: 恭喜入门obsidian
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date: 2022-03-22 14:39:04
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excerpt: 一天时间写完第一章，主要还是靠整理之前的笔记吧。
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tags: []
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rating: ⭐⭐⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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从我昨天下午决定开始写一本关于 obsidian 使用的书，打算用三个月的时间。结果到今天中午就完成了第一章「obsidian入门」的主要内容，也就是一天的功夫。所以说很多事情真的是要趁热打铁才效率高。（写论文要是有这个效率早就起飞了😂）
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这第一章本来按照我的规划，只有三部分内容：先谈谈**安装配置**，然后讲一下**写日志**，**读文献**。但实际写起来了，我基本才写完「写日志」这部分的内容，就已经用掉七节了。所以说大纲也不要太当真，更重要的是内容安排是否合乎实际。
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没错，我基本是从初学者的角度，边用边写（所以<span style="background-color:yellow">读者请跟着一步步操作即可</span>）。要说比较繁琐的地方，就是这一套下来的各种安装配置。我估计一般对电脑不大了解的童鞋，在第一节第二节就会被一个接着一个的下载安装配置给劝退。
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没办法，免费开源又好用（会才好用🙄）的软件工具最大的缺点就是不够傻瓜。而且在本教程中利用到的不仅仅是一个 obsidian，而是 obsidian + zotero + anaconda + pandoc 等一群开源软件和插件组成的工具链。（详见[[软件下载安装]]）
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![[Drawing 2022-03-23 08.45.37.excalidraw|600]]
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这个工具链中任一单独的软件都无法提供独立而完整的高效方案，以解决科研工作者在学术研究活动中对电子资料进行统一便捷管理的需求。所以我以 obsidian 为核心，有机地整合这套工具链，服务于<span style="background-color:#66aabb">「写日志」和「读文献」两大基础工作流</span>。
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工具链的整合是有相当高的门槛的，不仅需要你有丰富的计算机使用经验（包括编程），还需要对日常工作流程和信息管理有深入的理解。你可以理解为：原始的 obsidian 是一把用料扎实的粗胚大剑，而在本教程中经过工具链的加持，它或许已经开锋，成为一把解决科研工作者电子资料管理的利剑。
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所以，请耐心和细心阅读，一步步地完成第一节（[[软件下载安装]]）和第二节内容（[[zotero-obsidian联动配置]]），这个无聊、繁琐的阶段一旦迈过，接下来的内容将变得极其简单。
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![[Drawing 2022-03-23 08.04.18.excalidraw]]
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你将会看到，**写日志**（[[开箱写日志]]））也就是一个按键的事情，你可以完全专注于内容，而无需理会日志的格式要求。你也会感受到以每日日志为核心出发**创建草稿**（[[obsidian撰写草稿]]）的流程便捷。至于**周小结**（[[每周定期汇总小结]]）、**幻灯片**（[[在obsidian中写幻灯片]]），都是非常简单的事情。说白了，会打字就行。
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另外，考虑到移动输入的刚需，我还准备了手机客户端obsidian如何使用的补充内容（[[使用手机撰写日志]]），可以方便用户临时以及随时记录日志。当然了这里我再次建议，移动端obsidian仅仅是作为一种补充手段，主要还是以桌面客户端 obsidian 对个人 vault 库进行操作。
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一章七节，再加上这段凑字数任意发挥的「本章小结」，我觉得字数篇幅上已然足够了。而且内容上也已经相对完整。当你会写日志、写草稿、写周小结和搞幻灯片之后，可以先坚持用它一两个星期，跟 obsidian 培养培养感情。再进入到下一个阶段。
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拥有了第一章的写书经验，下一章我打算专注于介绍 obsidian 如何具体服务于科研活动。比如实验记录、文献阅读笔记、试剂清单管理甚至论文草稿撰写等等。相信了有了 obsidian 入门基础。进阶到具体业务层也会更加轻松。
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对于非科研工作者，第二章或许对您仅有借鉴意义。您可以结合第三章（插件篇）和第四章（自定义代码）内容了解如何针对一个 specified 的 workflow 配置相关插件甚至自己写代码脚本实现所需功能。
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page:: 8
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Executable
+60
@@ -0,0 +1,60 @@
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title: 每周定期汇总小结
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date: 2022-03-22 10:18:22
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excerpt: 周小结可以说是写日志做笔记中最重要的一件事情了。
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tags: []
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rating: ⭐⭐⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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```ad-info
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title: 友情提示
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对于写日志做笔记这件事情，如果不定期整理，提取概括关键有效的信息，过了一周就会乱成一团。
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```
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### 本周事务表
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![[Pasted image 20220322113006.png]]
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您可能会注意到在 obsidian 左侧目录文档树中，`00-MOC`内存在一个 [[本周事务表]]，里面仅仅填写了一些看不懂的代码，但是如果使用预览模式却能看到对本周创建的草稿内容的一个汇总。这样可以对本周做了哪些「大事」，还有哪些事情没有完成，能做到一目了然的效果。
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如上图所示，由于草稿创建后自动在 `01-Diary/本周事务` 目录下生成文件，然后草稿的很多 front-matter 可以作为元数据被 dataview插件 抓取。这里我通过一个 query 提取了草稿的文件名、标签、摘要和最后修改日期。在预览模式下，当鼠标悬停于文件名时，还能够激活局部预览。
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这里涉及到使用 dataview 插件对相关内容进行整合和显示。由于 dataview 插件使用较为复杂，我不推荐大家入门阶段就去了解和掌握。有基础的童鞋可以直接跳转后边的内容。
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### 创建周小结
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还记得我们「一切从日志出发」的宗旨吗？（参见[[obsidian撰写草稿#从日志出发撰写草稿]]）
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创建周小结同样是从某一天的日志出发。我个人喜欢在周五进行小结，因为周六要开组会，需要提前梳理一下各方各面的事情。大家可以根据自己的事情情况，固定一周的某一天用于创建周小结。
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![[Pasted image 20220322114514.png]]
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您可以在当天日志的某条 track 之后，按`Ctrl+Q`召唤 quickAdd 命令面板，并点击 `🐷每周小结`，就会在这条track之后插入周小结的链接，并自动按照[[每周小结]]模板创建新的页面，存放到 `01-Dairy/周小结` 目录中，最后帮你跳转到这个新建的周小结页面。
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### 周小结内容结构说明
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![[Pasted image 20220322115313.png]]
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上图截取了[[每周小结]]模板内容。周小结分为五个部分：
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- **front-matter**， 中的内容请在周小结完成后填写补充。（参考[[obsidian撰写草稿#front-matter]]）
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- **日志汇总**，是对最近一周日志内容的聚合展示，在预览模式下可查看信息表格。
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- **本周完成事项汇总** 需要您对[[本周事务表]]中已完成部分表格进行截图并粘贴，然后在自此执行`QuickAdd: 📒草稿归档` 命令以自动归档。这个操作会清空`01-Dairy/本周事务`中状态为 complete 的草稿，并将它们按照草稿 front-matter中 `destination` 的值转移到指定目录。 ^0zs3cr
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||||
- **本周小结**， 可以从工作生活学习多个方面，分条概述情况。如果有小组会报告的需求，可以从此处创建一个新的草稿，就命名为`[[小组会-202203xx]]`，然后在新的草稿内以 markdown 的方式撰写幻灯片用于小组会展示（参见后续内容[[在obsidian中写幻灯片]]）。
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- **后续安排**，一个小结主要是回顾和展望，所以简单罗列下后面一周的安排吧。
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周小结是对日志的总结，以此类推，[[每月总结]]是类似的操作，这里不再赘述，您只需要在 quickAdd 命令面板中找到 `🦁月度总结`，然后在约定好的每个月的某一天的日志 track 中插入即可。
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```ad-info
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title: 下节预告
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自己每周的小结可能包含很多个人隐私的内容，而关于工作部分的周小结通常是需要分享汇报的。所以我们有着做幻灯片展示的刚需。下一个部分的内容就详细介绍如何制作 obsidian 幻灯片。
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```
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page:: 6
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Executable
+106
@@ -0,0 +1,106 @@
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title: 软件下载安装
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date: 2022-03-21 14:13:40
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status: complete
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excerpt: 花了一个多小时来写这个玩意，但是作为第一节，可以作为后面章节的模板， 所以构思了一下内容逻辑和内容布局样式，不过总的来说还是值得花点时间的。
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tags: []
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rating: ⭐⭐⭐
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||||
destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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created: 2025-08-30T11:45
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||||
updated: 2025-09-22T13:27
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```ad-info
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title: 友情提示
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此部分内容主要是下载所需的软件、插件和模板，估计耗时5分钟。
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```
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### obsidian 安装
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![[Pasted image 20220321141509.png]]
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obsidian 截至目前（2022年3月21日）仍然是开源免费的笔记软件。
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它可以在 Windows、Linux、macOS多种系统平台上使用。虽然它也有移动设备版本，但是考虑到个人知识库的 heavy 的特点，我仍然建议您以使用桌面客户端为主。**本教程以 Windows 11 操作系统为例展开**，其它操作系统大同小异。
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```ad-warning
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Mac操作系统容易遇见 python 环境配置问题，解决办法参考[issue 20](https://github.com/sheldonxxd/obsidian_vault_template_for_researcher/issues/20#issuecomment-1128860155).
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```
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另外 obsidian 也有一些付费功能，如果您有发布和云同步的需求，可以购买使用。
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请您先不要理会网上一大堆关于「双链笔记」的说明，「双链」这个概念现在咱们还用不着。
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在 [obsidian 官网](https://obsidian.md/)下载了安装包之后，直接一路默认安装即可。由于真正占用存储空间的个人资料以及主题插件都保存在指定的目录下，所以您可以放心把它安装到 C 盘，而无需担心长时间使用之后 C 盘空间不足的情况。
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### obsidian模板库下载
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![[Pasted image 20220321143352.png]]
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本教程以 「obsidian_vault_template_for_researcher」为模板库展开，此模板库目前由本人维护，它整合了「写日志」和「文献阅读」工作流所需的一些插件和功能，并完善了相应的配置，最大程度降低了初学者的使用门槛，力求达到「开箱即用」的地步。
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您可以到 github 仓库下载[最新的 release ](https://github.com/sheldonxxd/obsidian_vault_template_for_researcher/releases)直接解压到您打算长期存放个人资料库的磁盘目录下即可。
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本人将资料库存放于移动固态硬盘中，并将硬盘盘符自定义为`X`，然后将资料库解压存放于`X:\projects`目录下，并把该 vault 重命名为 `working`。您可以按照个人喜好选择存储方案和仓库命名。**后续模板库路径均以`X:\projects\working`为例**。
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```ad-warning
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title: 更新请注意
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对于已经使用该模板库早期版本的用户，一般而言，由于涉及修改的文件主要是插件配置代码等与个人资料无关的内容。您可以直接下载最新的 release 覆盖之前的库进行更新。但是请注意 [[README]] 文档中的说明，如果您自己有自定义的流程或插件配置方面的修改，则不建议更新。
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```
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||||
### zotero 安装
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![[Pasted image 20220321142732.png]]
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zotero 是老牌的文献信息管理软件，同样是开源免费，而且多平台可以使用的一个工具，它的功能与 endnote 和 mendeley 等软件类似，都可以在写论文时插入参考文献，但是更加强大。截至2022年3月21日，zotero 版本号已经到 6.0，与之前最大的区别在于提供了内嵌的 pdf 阅读器。
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在 zotero 官网下载软件包后同样默认安装即可，因为占大头的 pdf 附件我们后面会指定存储到 obsidian 的 vault 库中。
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### zotero插件下载
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- [Zotfile](https://github.com/jlegewie/zotfile/releases)：自动 rename 附件，然后复制到制定目录，还能从 pdf 中提取高亮注释。请下载最新的 release 中提供的后缀为 `.xpi` 的文件。
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- [Mdnotes](https://github.com/argenos/zotero-mdnotes/releases)：将文献记录按照模板生成 markdown 笔记。
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- [Better Bibtex](https://github.com/retorquere/zotero-better-bibtex/releases/tag/v5.5.4)：生成 citation key，导出为更好的 bibtex 记录，也可以是 json，配合 obsidian 的 citations 插件使用。请下载最新的 release 中提供的后缀为 `.xpi` 的文件。
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### anaconda安装与配置
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一些自定义功能依赖于 python 脚本代码实现，建议下载安装 anaconda （[清华TUNA镜像源](https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2021.11-Windows-x86_64.exe)）并将其添加到环境变量（安装时全打勾）。
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![[Pasted image 20220529151825.png|450]]
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```ad-warning
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title: anaconda安装重要提示
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如果你并不熟悉python，并且是首次安装 anaconda，如上图所示的界面中，务必勾选第一个将 anaconda 添加入 PATH，不然会导致 python 脚本无法正确调用。
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```
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使用cmd命令行工具安装以下 python 模块：
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```bash
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conda activate base
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pip install pyperclip bibtexparser
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```
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```ad-warning
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anaconda 虽然包含了大量所需的模块（如requests 和 pillow），但本模板库内使用的代码还需 pyperclip 和 bibtexparser 以支持粘贴板交互和读写 bib 文件。
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```
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### pandoc 安装与配置
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pandoc 也是一个免费开源的工具，主要功能就是提供文件格式转换。比如我们可以把 markdown 格式的文件，通过pandoc导出为 word 文档或者可以断网独立访问的 html 页面。您可以到[pandoc官网](https://pandoc.org/installing.html)下载适合自己操作系统的安装包。一路默认安装，并注意添加到系统环境变量。
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![[Pasted image 20220322144959.png]]
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安装结束后，可以`Win+R` 运行 cmd，输入命令`pandoc --version` 查看安装信息。本教程用到的 pandoc 版本信息如上图所示。
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```ad-info
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title: 下节预告
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当你已经完成了 obsidian 和 zotero 的安装，下载了指定的模板库并解压到您喜欢的存储介质和地址，如`X:\projects\working`，接下来，在使用之前，您还需要一些简单的设置建立 obsidian 和 zotero 之间的联动。详见[[zotero-obsidian联动配置]]。
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```
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+97
@@ -0,0 +1,97 @@
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title: 主题阅读与比较阅读
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date: 2022-03-26 15:26:07
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excerpt: 这是一件需要充分发挥主观能动性的活动，简单的说就是费脑。
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tags: []
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rating: ⭐⭐⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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```ad-info
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title: 友情提示
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在初步阅读了一些文献，以及完成了定期每周的文献周小结之后，你可能对若干个主题或者领域产生了进一步了解的兴趣，也积累了一下术语或者关键词。接下来就可以进入到下一个环节，进行比较系统的主题阅读和比较阅读了。
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```
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### 重要文献的溯源
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首先，由于论文一般对参考文献引用是非常严格的，所以你完全可以根据若干非常重要的相关的文献，实施溯源搜索，也就是根据内容去找被引文献，甚至被引的被引。
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![[Pasted image 20220326153950.png]]
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obsidian 的双链功能为我们在自己的文库内构建文献的相互引用网络实现了可能。所以我建议你通过使用 `quickAdd: 🔎引文列表` 命令，在**文献笔记（mdnotes）** 中先插入此文所引用的文献列表。如果它引用的文献已经存在于你的 zotero 文库中，那么将自动转变为双链模式，如果还没有收录到你自己的文库，则保留DOI链接。你可以通过DOI链接跳转到原文网址进一步查看。
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![[Pasted image 20220326154035.png]]
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```ad-tip
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过了一段时间之后，你可以删除文献笔记中这个 References部分，重新执行 quickAdd 命令以刷新引文列表，从而给更多已经入库的文献更新DOI链接为双链。
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```
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此外，由于某些看破不说破的原因，溯源很可能会封闭于某些学术团体（一直是这伙人引来引去的）。所以在溯源的同时，你要根据已有的信息，通过各种途径进行搜索，找寻相关的具有参考价值的资料。这些途径包括各种学术搜索引擎的使用，这里我就不多说了。
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### zotero中建立专题分类
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![[Pasted image 20220326154801.png]]
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为了方便主题阅读和比较阅读，建议先在 zotero 中建立专题分类，将此专题的文献都收录到分类中。建议新找到的文献资料，都通过 doi 的方式添加到 zotero 的文库中（详见[[当期文献速览#通过doi将收藏文献入库]]）。一般来说，对于初级层次的主题阅读，刚开始收录30篇左右的文献就差不多了，不必求全而把时间浪费在搜寻资料上。
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### 创建主题阅读笔记
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同创建草稿的方式（参见[[../1-obsidian入门/obsidian撰写草稿]]）创建主题阅读笔记。
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![[Pasted image 20220326155452.png]]
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然后将搜索收录到专题分类中的文献条目全部选中，拷贝 citation key，粘贴到主题阅读笔记中。
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![[Pasted image 20220326155727.png]]
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注意这里相当于是引用了多篇文献。所以**引用多篇文献仅仅是把双链用空格隔开**即可。然后 citation key 是按照 citation key 的首字母进行排序的。所以为了后面方便填充笔记内容，zotero中建议按照 citation key 对文献条目进行排序。
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### 边读边写填充内容
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在主题阅读笔记中插入了大量的参考文献之后，接下来就是填充具体内容。我建议你按照 citation key 逐个逐个填充。甚至把它们制作成列表都可以。
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![[Pasted image 20220326160734.png]]
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需要注意，可能并不是每一个 citation key 都已经创建了 mdnotes，所以请按住 Ctrl，鼠标移动到双链上查看是否能够预览。如果预览为空白，则需要在 zotero 中对此条目新建一个 mdnotes 文献笔记（详见[[当期文献速览#创建文献笔记]]）。如果预览不为空，千万不要再重复创建 mdnotes，否则之前填写的一些内容（如文章骨架）会丢失。
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所以按照这样的操作，一个主题阅读笔记，本质上就对应了 zotero 中的分类。
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### 比较文献关键内容
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在比较阅读中，最直观的莫过于使用表格了。所以在主题阅读进行到一定阶段，你需要确定这个主题内的文献包含一些常见的重要的实验、方法或者其它指标，以此建立 dataview 插件能够识别的`key:: vaule`，填写于 mdnote 文献笔记中。注意每个 `key:: value` 必须独占一行，而且 key 之前不能有任何内容。这些都是 dataview 插件的具体使用方法，参见[[Dataview - 数据查询增强]]，这里仅提供必要操作说明而不做原理性解释。
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![[Pasted image 20220326163907.png]]
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由于按照本教程的流程，完成初步阅读的研究性文献笔记必定包含以下键值对：
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- novelty：创新性
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- significance：意义
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- potential：潜力
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所以这里仅提供 dataview 对这四个 attribute（属性） 的 query 默认模板：
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![[Pasted image 20220326162814.png]]
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如果你需要查询自定义属性，可以将自定义的 key 跟上面代码中第一行的 novelty、significance 或者 potential 进行替换，然后修改对应的 column名方便查看。另外一个需要注意修改的是显示为绿色的主题标签。这里补充强调下：**在进行主题阅读时，请务必在文献笔记中的front-matter 中添加主题标签。**
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你可以通过 Templater 插入 [[主题文献比较查询表]] 插入该 dataview query template，插入方法参考[[解析文章骨架#插入文章骨架模板]]。
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### 导出调研报告
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理论上做得好的话，主题阅读的笔记，再稍加修改润色，已经基本可以成为一份调研报告了，你同样可以导出为 pdf 发送给导师瞅瞅。导出方法参考[[阶段性文献阅读小结#导出文献阅读小结为pdf]] 。但是你会发现导出后插入的参考文献是没有引文列表的，所以你可以再针对此**草稿页面**使用 `quickAdd: 🔎引文列表` 命令，它会生成基本符合要求的 Bibliography。导出pdf后效果如下图所示：
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![[Pasted image 20220326174949.png]]
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注意标题已经自动创建了指向网页的超链接，可以在pdf直接打开网页。
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```ad-info
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title: 下节预告
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文献阅读积累不是一日之功，所以贵在坚持。而当你的文献库愈发庞大，读得文献也更多的时候，常常会发现有些作者总是眼熟。没错，他们可能就是这个领域中的佼佼者。所以有必要进行follow。
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```
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page:: 15
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Executable
+89
@@ -0,0 +1,89 @@
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title: 入库文献泛读
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date: 2022-03-24 08:50:18
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excerpt: 非常简单，获取对文献的初步印象就行。
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tags: []
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rating: ⭐⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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```ad-info
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title: 友情提示
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入库之后的文献要尽快全部完成泛读，不然你的未读清单会爆炸的。在我推荐的流程中，文献泛读与别处不一样，可以说简单到一篇文献最多只用5分钟即可。
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### 打开文献工作区布局
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在上一节（[[当期文献速览]]）中，我们已经完成文献的入库，并创建了文献阅读笔记。
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![[Pasted image 20220324085359.png]]
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下一个阶段就是对这些新入库的文献进行泛读。如上图所示，你可以点击 obsidian 左侧边栏的「管理工作区布局」，然后选择加载「文献阅读」。obsidian 就会切换到已经设定好的界面布局，首当其冲显示的就是[[阅读清单]]。
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### 阅读清单结构说明
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阅读清单主要包含三个表格：
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1. 未读文献表格：表格只有两列，分别为文献笔记文件名和创建日期，并按照文件创建日期倒序排列。
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2. 近期已经阅读文献清单，这里展示的是近期文献阅读笔记存在过更新的情况，按照文件修改时间倒序排列。表格包括了标签、评分和comment，有助于概览文献情况。
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3. 组会上已分享展示的文献，展示已经制作ppt在实验室定期组会上分享的高价值文献。（费曼学习法，给人讲过的才印象更加深刻）
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### 泛读的目标
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![[Pasted image 20220324090406.png]]
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从文献笔记的角度来看，泛读的第一个任务就是**用一句话概括你对这篇文献的初读印象**。这句话不要太长，把光标移动到`comment:: `所在行，直接输入即可。注意两个冒号后边是有一个空格的，不要删掉，否则 dataview 插件不能解析这个信息。
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在写完了 comment 之后，你完全可以换行换行再在后面贴一张文章中给你印象深刻的图。因为插图比文字更能够唤起印象。
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```
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![[Pasted image 20220324090832.png]]
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泛读的第二个目标是，根据你的初读印象，在文献笔记的 front-matter 中删除原来占位置的`unread`标签，输入你自定义的标签，多个标签之间使用空格。然后再给这个文献弄一个简单的星标评分，你可以直接复制默认的一星（⭐）。
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完成上述目标之后，你就能在[[阅读清单#近期已阅]]中看到关于这篇文献阅读的记录：
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![[Pasted image 20220324091227.png]]
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### 初读印象该写什么
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我认为文献泛读的目的就是为了获取一个大概的印象。
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由于这种关于印象的描述和记录最终还是给你自己看，方便review的，所以尽量不要写自己都讨厌的套话废话。有时候只言片语只要你自己觉得日后看到还能唤醒这个印象就行。
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我个人认为首先**只能是一句话概括**。有时候你会发现大概就是把标题用自己的话翻译补充一下就ok。
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所以在我所提及的**文献泛读的具体操作是一个递进的过程**：
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1. 读标题，标题读懂了如果能够理解，就直接写初读印象
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2. 如果标题不是很明白，再读摘要，利用摘要中提供的信息对标题进行补充，完善初读印象
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如果读完摘要还是不懂（常见于非资深研究生），则考虑是否值得花更多时间阅读原文。由于已经入库的文档是「感兴趣」、「有点相关」、「有美感」三者必占其一的（参见[[当期文献速览#收藏还是要有一定标准]]），所以阅读原文总归要读，但可以根据你当前具体事务安排罗列优先级。
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比如你正在进行的课题实验，需要你对这篇文献的方法有深入的了解，那肯定要优先安排进一步阅读原文。再比如你觉得这篇文献数据分析方法和展示方法对你有帮助，同样是尽快安排上。总之记住一句话：文献无穷无尽，你必须根据自己实际情况有所取舍地阅读。
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所以你看，在我这个流程中，**完成文献泛读根本是不用下载原文的**，大致看下标题摘要和插图即可。通过标签和 comment 对这篇文献建立一个初步的印象，然后使用 rating 标清楚它的进一步阅读的优先级。这样就能节约大量力气，把有限的时间分配给于你而言真正重要的文献上进行下一步更仔细地阅读。
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### 快捷查看标题摘要
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![[Pasted image 20220324093418.png]]
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可以看到，自动生成地文献笔记已经有标题作者的信息。所以标题查看是没问题的。如果想进一步阅读摘要，可以按住 Ctrl，鼠标点击 DOI 后面的超链接实现跳转。一般而言会跳转到出版商的在线论文页面，即便需要付费也是会提供一个摘要的。
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### 该如何打标签
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标签一定是在文献泛读完成后，初步印象撰写完毕后，从你的印象中高度提炼出来的一些关键词，当然一般都是很实在的词。比如研究领域，研究对象，研究方法啥的。但这个实际上想做好很难，所以还是以自己的感受为主，目的是帮助自己，快速唤起对于这篇文献的印象和记忆。
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```ad-info
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title: 下节预告
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完成泛读的入库文献可以根据情况罗列「进一步阅读原文」的优先级，所以下一节就讲这个内容。
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```
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page:: 10
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Executable
+97
@@ -0,0 +1,97 @@
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title: 当期文献速览
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date: 2022-03-23 09:14:42
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excerpt: 又是一个小时过去了，还不错，今天就写这一节。
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tags: []
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rating: ⭐⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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```ad-info
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title: 友情提示
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在「obsidian搞科研」这第二章的第一小节，我刚开始就谈当期文献速览，马上就感觉到不妥。因为对于真正刚进入实验室的科研小白，他们早期的文献大多是导师或者师兄师姐推荐的，需要精读的文献。其中又以综述最为重要。所以对于这部分童鞋，我建议你优先参考后面 [[重要综述如何阅读]] 这一小节。
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```
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### 扫阅最新发表的文章
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对于经验丰富的科研老鸟，在对自己研究领域内的工作有比较系统和全面的了解之后，平时应当注意跟踪所属和感兴趣的领域内最新进展，所以你需要知道一些你感兴趣的工作经常发表的杂志，定期扫阅 current issue。
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![[Pasted image 20220317195054.png]]
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比如上图是我对最近一年入库文献所属期刊的统计情况，知道了这些就可以到 [X-MOL 网站](https://www.x-mol.com/)上注册账户，然后关注这些期刊杂志。
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![[Pasted image 20220323092800.png]]
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关注之后，你可以看到，当期杂志文章会以卡片的形式呈现出来，一般会有标题和TOC示意图，你可以快速根据这些信息判断文章是否值得收藏入库做进一步阅读。值得一提的是，X-MOL还有手机APP，所以完全可以利用碎片时间完成这个「扫阅」的工作。
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### 收藏还是要有一定标准
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![[Pasted image 20220323093759.png]]
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这第一步仅看标题和TOC图片，说实话只是留下个印象。跟你研究领域接近，印象深刻；跟你兴趣爱好接近，印象深刻；跟你审美偏好接近，印象深刻。
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所以于我而言，凭借一张文献卡片决定是否收藏就三个标准：研究领域相关程度、感兴趣程度和对TOC插图的主观感觉。
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需要注意的是，这三个标准是递进的关系而非并列。因为刚开始一无所知的时候，肯定是跟实验室研究领域越相关的你越兴奋。到了一定程度之后，你了解了不少概念，知道了一些关键词，就会有感兴趣这个维度的偏好。再到后面，或许凭借一张TOC图你就能大致判断这个工作的价值和作者的研究水平。
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根据这三个标准，你可以不 miss 对你而言有价值的工作的前提下，大幅度降低第一阶段的文献数量（没错，很多文献你没有必要去阅读，能看一眼它的标题和TOC图已经很给面子了）。
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### 通过doi将收藏文献入库
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通过上述的「扫阅」方式和判断标准，基本上五秒的时间就过完一篇当期文献。收藏了之后，就可以进入到下一个环节。
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平时「扫阅」收藏的文献，包括其它途径获取的文献，比如微信公众号推送，小组成员在微信群里分享的等等文献。我都会找到 doi 号然后添加到 zotero 文献库中。我管这个操作叫做「入库」。
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![[Pasted image 20220323095442.png]]
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如上图所示，打开zotero， 点击界面中箭头所指图标，输入doi号之后，zotero会联网自动抓取该文献准确的条目信息，包括标题、作者、杂志、卷和页码等等。总之非常方便。
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需要注意的是，这样添加的文献条目属于「未分类条目」。如果你想把这篇文献添加到某一个你创建好的分类中，需要在添加之前选中分类文件夹。
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### 创建文献笔记
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![[Pasted image 20220323100108.png]]
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「入库」后的文献，需要及时创建文献笔记。如上图所示，右键点击文献条目，选择 Mdnotes，然后 Create Mdnotes file。这是，zotero 就会在你 vault 库的 `02-Reading/mdnotes` 目录下新建一条文献笔记。你可以点击 `00-MOC` 目录下的[[阅读清单]]查看未读文献表格。
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![[Pasted image 20220323100351.png]]
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这同样是通过 dataview 插件聚合笔记信息形成的表格。你可以点击 File 列中的文件名跳转到刚刚新建的文献笔记。
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![[Pasted image 20220323100513.png]]
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可以看到，这是按照一定模板生成的文献笔记。我**不建议你马上对该文献进行阅读**。什么事情都可以歇一歇才好。只要你不修改 `unread` 标签，它会一直停留在上面提及的未读文献表格中。
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### 锁定citekey
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接下来比阅读文献更加重要的事情，是锁定这篇文献的 citation key。
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![[Pasted image 20220323100904.png]]
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在创建了 mdnotes 之后，我建议你立即锁定这篇文献的 bibtex key，不然它后面随着文献库的增长会发生变化。这个情况会导致你在笔记中基于 citation key 的文献引用失效。
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可以发现，锁定了citekey 之后，会多一个📌的标记。如果你没有看到这一列。可以右键点击标题，然后把 citation key 打勾。
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![[Pasted image 20220323101407.png]]
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如果看不到这个选项，请确认 better bibtex 插件已经正确安装（参考[[../1-obsidian入门/zotero-obsidian联动配置]]）。
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```ad-warning
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请务必关联创建 mdnotes 和锁定 citekey 这两个操作，这样文献条目📌的标记还有助于你判断 mdnotes 是否创建。如果已经创建 mdnotes，后面就不要再创建了，否则会覆盖已有的文献阅读笔记，那就惨了。
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如果是批量连续生成 mdnotes 时遇到这种文件覆盖问题，可以将新生成的 mdnotes 文件名统一修改为 xxx.md，避免对已有文件的覆盖，同时不中断后面的 mdnotes 文件生成。
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```ad-info
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title: 下节预告
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一篇科技论文往往需要经过很多轮的阅读，恭喜你已经完成了最初的最简单的一轮，即「收藏入库」。请一定要把好这第一关，否则你的「未读文献清单」会爆炸的。而下一节的内容，则是讲解处理这些「未读文献清单」并进入到「文献泛读」阶段。
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```
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page:: 9
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+52
@@ -0,0 +1,52 @@
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title: 本章小结-恭喜习得内功
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date: 2022-03-27 08:28:30
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excerpt: 花了5天时间完成了第二章的内容，一共9节，感觉还是有点费劲的。
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tags: []
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rating: ⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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若将学术圈类比于武侠小说中的江湖，那么读文献这个事情就像是修习内功。与来往的学术大佬交流也不难得知，他们的文献阅读量都是破万的水平。所以课题组素有「每日一文」的提倡，这样即便资质一般，凭着日积月累的功夫也能达到「内功深厚」的地步。
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所谓「读书破万卷，下笔如有神」。论文读得多，自然见多识广，对于目前研究的边界有比较清楚的认知，比如哪些问题是重要的，哪些问题已经被解决了，哪些问题还没搞定存在瓶颈。而且你会发现，越是前沿的越是学科交叉的研究，问题越多。这问题越多，idea 也就更多。有 idea 才能有课题。这个道理是如此简单，但是能坚持读文献的不多。
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一下子读一万篇文献显然是不可能的。我们只可能化整为零，每天读一点，争取十年读一万篇。
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为啥是十年呢？大家可以简单算一笔账。十年时间，五到六年硕博，再加上博后和青椒阶段，基本上你就成为了人类探索知识边界的先锋骨干，也就是真正的专家。真正的专家没能「破万卷」那只能称之为「砖家」了。
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十年大概三千六百五十天，平均每天三篇左右的阅读量，就能够实现这个目标。但如果你每一篇文献都画上一个小时去通读，一天三个小时也是非常难的事情。想想锻炼身体这个事情，每天能跑步半小时都是痴人说梦。
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所以在本教程提及的「读文献」流程中，其实把读文献这个事情划分了三个阶段：
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- [[入库文献泛读]]：也就是看看标题、摘要和TOC插图，有个初步印象
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- [[解析文章骨架]]：进一步看看标题和 introduction，争取提炼文章骨架
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- [[主题阅读与比较阅读]]：同类主题一起读，比较 results 和 methods等诸多血肉
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事实上对于一个「破万卷」的专家而言，一万篇的数量只是他收入库中的总文献数量。他真正精读过的文献可能就百来篇，解析过文章骨架的可能有数千篇，剩下的大部分都只停留在一个初步印象的阶段。
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但这并不是意味着「破万卷」的说法作不得数。因为一个具体的研究领域中，真正有东西的好文章并不多。读懂读透了这些精品文章，剩下的很多文章你只需要泛读一下，也可以有很高的理解度。而从理解程度这个角度来说，「破万卷」是毫不夸张的。
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那何直接问导师或者大牛讨要这些精品文章进行研读？但我估计你得到的会是一篇重量级的综述。就像我在[[重要综述如何阅读]]中所说，即便是这样的综述，也不是需要通读所有内容的。因为时过境迁，你的研究领域和重心都会与旁人不同。
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而且根据自己实际情况而广泛阅读并加以甄选，才是真正的「授之以渔」，让你的学术判断力和学术品位得到真正的提升，从而完善自己独特的研究领域下的文献积累。
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对于国内绝大部分按部就班从大学毕业然后读研究生的同学，实际情况可能是一进实验室就被当民工使，各种学习实验操作技能，然后把实验做起来，给已经在做的课题打下手。根本没有你自己按部就班从看文献出发不断思考提炼，做自己提出的课题的机会。其实这并不要紧，时机到了自然水到渠成。所以这不能成为你不读文献，思考自己后面要研究什么的理由。
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而且「纸上得来终觉浅」，尽早动手，参与到课题当中，积累实践经验体会，更能够激发你阅读文献的动力。
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比如某个实验做不出来，做不好，折磨了你一两周，你自然对于能够提供帮你解决问题的文献趋之若鹜，都不用导师三令五申你去读文献。
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除了激发阅读动力，同时也能提供具体的限制条件帮助你筛选近期要精读的文献，因为你阅读文献就是要解决眼前的问题。我相信已经开始做实验的同学应该有所体会。
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「尽信书则不如不读书」，参考文献上说的也不一定都对，你如果不做实验，仅仅凭着作者精心编织的逻辑来判断，多多少少会被带到沟里去。另外文献终究只有几句话，你如果不做实验，没有在一线战斗的切身体会，也很难把握其中的艰辛，判断文献的难度或者重量。
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所以要成为一流高手，终究是要内外双修的。在接下来一章中，我就具体介绍如何使用 obsidian 做课题，实现对「实验记录」、「试剂耗材」、「数据分析」甚至「论文草稿撰写」等具体环节的信息整合管理。
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page:: 17
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Executable
+89
@@ -0,0 +1,89 @@
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title: 解析文章骨架
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date: 2022-03-25 08:28:51
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excerpt: 感觉更多在讲怎么读文献，obsidian的操作就是插入模板而已。
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tags: []
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rating: ⭐⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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title: 友情提示
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此节内容主要涉及使用模板，方便在文献笔记中填充格式化内容。
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### 文章三要素
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第一次阅读原文时，应当尽快明了文章的骨架。那么什么是文章的骨架呢？
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对于一篇创新性研究论文，按照我老师的说法，其骨架就是三个要素：「novelty」，「significance」和「potential」。
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所以刚开始看一篇文章，一定要带着如下三个问题去搜寻答案，而不是通读全文：
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- 创新点（novelty）究竟是什么？注意论文必然有创新之处，否则无法发表。
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- 有什么研究意义（significance）？研究意义通常是文章工作要解决的具体的问题所带来的。
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- 发展和应用潜力（potential）如何？牵一发而动全身，这个工作能促进哪些领域的发展？
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值得一提的是，novelty（因为对于发表文章是必要的）所以多少比较清晰，但是 significance 和 potential，很多工作就是在说一些套话或者泛泛而谈。
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所以在阅读原文时也不要过分依赖于文中怎么说，有时候也要自己结合已有知识储备主动去思考。说不定就能发现作者「丢了西瓜，捡了芝麻」。
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### 插入文章骨架模板
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简单介绍了「文章三要素」之后，那么对于我们这一个环节的阅读，最主要的目标就是在文献笔记中填写「文章骨架」的内容。
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你可以打开某篇文献的笔记，如果按照流程，它应当显示在你的[[阅读清单#近期已阅]]的表格中了：
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![[Pasted image 20220325085404.png]]
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光标移动到笔记末尾后，可以快速插入「概括文章骨架」模板：
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![[Pasted image 20220325085729.png]]
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具体操作如上图，在左侧边栏最上边的按钮，也就是「Templater」插件按钮，点它（或者按快捷键`Alt+E`）。然后弹出一个对话框列表，里面有很多模板，点击「概括文章骨架」，即可在文献笔记光标所在位置插入已经做好格式的内容。
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这就是 Templater 插件的基本使用方法，后面插入任何模板都可以这样做。
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![[Pasted image 20220325085941.png]]
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如果你还有印象的话（详见[[入库文献泛读]]），就会按照模板生成的内容中， novelty、significance 和 potential 后面都带有两个冒号，是给 dataview 插件聚合信息用的。
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填写的方式如同前面的 `comment:: `，在双冒号之后输入空格之后，再写具体的内容。
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### 文章骨架怎么写？
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本质上，文章骨架是对初读印象的进一步补充。前面提到，初读印象可作为文献标题的对应。所以**文章骨架也可以作为文献摘要的对应**。
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一篇好的文章，其实已经在摘要中把 novelty、significance 和 potential 进行了概括性描述。
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还是那句老话，如果这篇文章属于你小领域的，那么你就会更容易理解它的这个三要素。这个时候提炼文章骨架更多实对摘要的翻译。当然，这个东西是写给自己看，巩固印象的。所以重要的事情再说一遍，不要写套话废话，照抄照搬。
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如果摘要不是看得很懂，那么你就需要进一步阅读 introduction，里边会对文章具体要解决什么问题和瓶颈，采用了什么方法策略，得到了什么结果，具有什么意义和潜力等有更详细的说明。
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如果 introduction 看了还是读不懂 novelty、significance 和 potential 是什么，我建议你可以采取以下方式（已按优先级排序）进行操作：
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1. 根据 introduction 中的引用文献进行溯源搜索，因为一些概念方法，会在被引用的原文中有更详细的说明。但是溯源需要时间，请结合实际情况合理操作，适可而止。
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2. 找你的师兄师姐甚至导师询问，注意问题要具体。比如针对创新性方面的疑问，「师兄，你看这篇文献要攻克巴拉巴拉的问题，这个问题有其它的解决方案吗？这篇文章这种解决方案有啥优势劣势呢？」
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![[Pasted image 20220325093756.png]]
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说了这么一大堆，直接上例子。基本上填写这三要素的内容，都可以在文章摘要中找到。然后一定要注意，**这不是做什么题目，没有所谓的对错，就按照你自己的理解来**。比如这篇文章，我就觉得它新奇的地方，是把兔子3D打印所需的信息存储到DNA中制作材料，然后3D打印成一只兔子，然后从兔子上扣一点下来读取信息，又可以打印一只一模一样的兔子。
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当然了，这里我只是给读者解释，所以对创新点描述得啰里啰唆的。事实上在填写三要素时，请尽可能简洁明了，哪怕只是关键词就行。因为这是给你自己看的，只要你能根据这些关键词重新唤醒对于这篇文章的记忆就行。
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无论因为什么原因而阅读原文，解析文章骨架都是必要的（abstract+introduction），要不然就不读。做完了这一步之后，就是按照读者各自需求进一步阅读了。比如了解和评价更为具体的结果（读 results），或者学习实验方法和数据处理方法（读 methods），甚至欣赏学习作者的思辨过程（读 discussion），其实都可以在批注中搞定（参见[[进一步阅读原文#阅读原文并批注]]）。
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title: 下节预告
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对于单篇研究性原创论文的阅读就介绍到这里。但实际上我们还会看一些综述。综述的读法跟论文又不大一样，目的更不一样，所以我们的操作也有不一样的地方。
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```
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page:: 12
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Executable
+64
@@ -0,0 +1,64 @@
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title: 跟踪领域内大牛
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date: 2022-03-26 19:25:09
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excerpt: 这部分内容写起来比较轻松。
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tags: []
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rating: ⭐⭐⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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title: 友情提示
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这一节的内容主要是展示作者排序和展示双链笔记主打的关系图谱。
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### 作者统计排序
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![[Pasted image 20220326192742.png]]
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为了方便本教程用户轻松 follow 大牛，我在 `00-MOC` 中放了一个 [[AuthorRanking]] 的页面，如上图所示，你可以在预览模式下点击`🐼作者统计` 的按钮，然后会在按钮下方基于你个人文献库的统计结果自动生成或更新作者排序列表。
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### 创建大牛页面
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![[Pasted image 20220326193044.png]]
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[[AuthorRanking]] 页面切换到编辑模式，你会发现作者名其实就是双链。如果局部预览没有显示，那么你可以按住 Ctrl 点击这个双链直接创建大牛页面，它会以[[草稿模板]]生成新的页面。你可以按照自己的喜好随意去填充内容（也可以照着`key:: value`格式填写方便 dataview 解析）。比如大牛的照片，代表作，单位，诸如此类。
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然了，你完全可以每隔一段时间点一下按钮，对这个作者排序页面进行更新。而这种更新完全不会影响你已经创建的大牛页面的内容。
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### 查看大牛的相关文献
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![[Pasted image 20220326193758.png]]
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你可以点击新建的大牛页面的选项，然后选择「打开局部关系图」，就可以看到大牛发表的被你收录的所有文献的文献笔记。如上图所示，就是一个典型的所谓双链笔记的局部关系图谱。
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![[Pasted image 20220326194055.png]]
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注意，这个是自动生成的。因为每一个mdnote 文献笔记，都包含了 authors 字段（如上图所示）。如果 author 的页面一旦被建立，就会生成这种网络链接。你可以点击关系图中任意一个节点，直接跳转到指向的文献笔记中。
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### 将大牛页面归档
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由于是从草稿创建，会默认保存至`01-Diary/每周事务`，你需要将其转移至 `02-Reading/3-people` 目录下，可以修改 front-matter 中的 destination 的值为 `02-3` ，等到后面周小结时统一批量自动归档，具体可参考[[../1-obsidian入门/obsidian撰写草稿#front-matter]] 和[[../1-obsidian入门/每周定期汇总小结#^0zs3cr]]。
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### 查看全局关系图谱
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通过「创建大牛页面」和前面提到的「引文列表」（详见[[主题阅读与比较阅读]]），会基于作者和文献自身的引用关系，生成高质量的个人文库的关系图谱。现在我们可以点击obsidian左侧边栏的「全局图谱」按钮，查看一下成果了：
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![[Pasted image 20220326194728.png]]
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存在于`02-Reading/3-people` 目录下的大牛页面在关系图谱中会被渲染成黄色的节点。而普通的 mdnote 文献笔记是浅绿色。至于主题阅读笔记（2-topics）则成为深绿色。此外我还设置了日志、周小结的渲染样式。通过这个关系图谱可以对整个 vault 文库有一个直观的了解。
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值得一提的是，这个关系图谱可以按照时间顺序生成动画，起初我就是不知道在哪里看到这种酷炫的效果被吸引而来。但是后来在实际的使用过程中，发现查看全局图谱的频率低得令人发指。所以我就不再制作这样的动图来哄骗小朋友了。
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title: 下节预告
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文献阅读方面的介绍到此基本结束。文献阅读的目的归根结底还是要「触及知识边界」，找寻到别人还未解决的问题，提出你自己创新的方案。所以我们一开始就是为「开题」准备的。开题了，就是要做具体的课题项目了。这个就包括实验报告、物资管理等项目相关的工作流程，我会在下一章进行说明。
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```
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page:: 16
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Executable
+92
@@ -0,0 +1,92 @@
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title: 进一步阅读原文
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date: 2022-03-24 17:40:52
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excerpt: 感觉更多是对 zotero 的介绍了。
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tags: []
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rating: ⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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title: 友情提示
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好记性不如烂笔头，不管用什么策略去阅读原文，没有什么比直接在pdf上做批注更爽快了。
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```
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### 下载原文并入库
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![[Pasted image 20220324174642.png]]
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你可以在 zotero 库中，右键单击你想要查看原文的文献条目，先选择「在线查看」，然后会自动打开浏览器并跳转到文献的网页。
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下载原文的方式很多，无论是 open access，抑或你单位购买了期刊，还是自己用 「诶思西哎哈博」，总之从浏览器下载 pdf 时务必记得保存到桌面。
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pdf下载完成后，不用管它，再在 zotero 中右键点击这个文献，选择 Attach New File。这个时候，zotfile 插件会自动将刚刚下载到桌面的 pdf 重命名，然后移动到 `08-Assets\pdfs` 目录下，并在该文献条目记录下生成相对链接。
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### 阅读原文并批注
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![[Pasted image 20220324175232.png]]
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zotero 6.0 版本已经内嵌了一个非常好用的 pdf 阅览批注功能。当你附加了 pdf 到文献条目后，双击就可以在 zotero 中浏览原文。如上图所示，界面非常简洁，包含必要的标注工具。
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如果你无法打开 pdf，可能是插件配置有误（详见[[../1-obsidian入门/zotero-obsidian联动配置#zotfile插件安装和设置]]）。
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### 保存批注到pdf文件
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zotero 默认把批注内容存储于自身的数据库（可以云同步），但是这样容易造成丢失，而且当你给别人 share 这篇原文时，pdf中的标注对方是看不到的。
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为了解决这个问题，我建议你养成习惯，把批注保存到 pdf 文件中。由于 zotero 采取的标准很好，所以别的 pdf 阅读器都可以正常查看这种批注。
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![[Pasted image 20220324175930.png]]
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具体而言，你只需要点击「文件」，然后选择「store annotations in file」，就可以把批注保存到 pdf 文件中。
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### 从批注创建笔记
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![[Pasted image 20220324180215.png]]
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当你在 pdf 中做了一些批注之后，你可以直接把所有的批注收集起来新建一个笔记。如上图所示，右键点击此文献条目后再点「Add Note from Aanotations」，选择做了批注的附件pdf，zotero 就会自动生成一个笔记。你可以在右侧边栏中看到其中内容，如下图所示。
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![[Pasted image 20220324180502.png]]
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### 将注释笔记存储到vault中
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![[Pasted image 20220324180623.png]]
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上一步生成的注释，同样是存储于 zotero 内部的，我们可以把它整合到自己的 obsidian vault 库中。具体操作就是右键单击这个新生成的注释文件，选择「Mdnotes > Export to markdown」。
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![[Pasted image 20220324181317.png]]
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你可以在 vault 库中看到这个新生成的注释文件，mdnotes 已经按照模板自动帮你建立好了指向该条目主文件的反向链接。
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值得说明的是，将标注内容存储于 vault 中的作用主要是你**可以全库搜索文献内的标注**，这有利于你直接发现文献的相互联系，适用于系统性主题阅读和比较阅读时快速抓取关键信息。
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不过被魔改以适配 zotero 6.0 的 mdnotes 插件似乎丢失了指向 zotero 的链接。所以从 vault 库中的这个文件里边，你无法再直接跳转回 zotero 中指定 pdf 内容的具体的被标注内容了。
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![[Pasted image 20220324182234.png]]
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但是在 zotero 中存储的注释，其链接仍然是有效的，你点击某条注释，选择「在页面显示」，就能够**直接跳转到 pdf 中被注释的区域**，这个功能可以说非常方便。
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特别注意，**在 zotero中可以直接搜索注释中的内容**。所以在使用一段时间后，我更多地把「将注释笔记存储到vault中」这种手段作为信息备份。
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### 关于pdf注释的建议
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由于pdf注释的特点，我并**不建议在注释中插入图片**什么的（虽然是可以的）。因为这样会让注释变得 heavy。相反，我更推荐使用一句话，加上若干标签的方式来完成注释。为了让 obsidian 能够自动抓取便签，你可以遵循简单的标签语法规则，就是在关键词前面加`#`，比如`#DNA`。为了清楚，标签应当在一句话描述之后独占一行，如果有多个标签用空格隔开，如：
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> 这是一段批注，用于演示被推荐的批注格式。
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obsidian搞科研
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title: 下节预告
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本节内容主要讲的是原文阅读在软件使用层面的东西，掌握这套阅读注释的流程虽然能够比较轻松自然地把文献批注组织起来。但是真正能够提高原文阅读的效率，还需要有一定策略。
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可以说，**不同轮次阅读原文都应当有不同的目标**，就像我们在「文献速览」时解决的是判断某篇文献是否要「入库」，而在「文献泛读」时力求快速获取印象和标签。
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同样的，在第一次阅读原文时，我们千万不要去通读全文，而是根据一个具体的目标——「解析文章骨架」，去搜读原文。
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```
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page:: 11
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Executable
+60
@@ -0,0 +1,60 @@
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title: 重要综述如何阅读
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date: 2022-03-25 10:44:04
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excerpt: 所谓的提高效率不过是从实际情况出发有所权衡和取舍。对于重要的文献和综述，再别无他法，只能是老老实实下苦功夫读懂读透。
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tags: []
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rating: ⭐⭐⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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title: 友情提示
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综述类文献的阅读与之前非常相似，在此部分内容中你将了解如何在obsidian中制作思维导图。
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### 综述阅读的一般流程
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一般新加入团队的小朋友，导师或者师兄师姐会推荐一两篇文献。主要是目前课题高度相关的文献或者重要的综述。啥都不懂，你该怎么去阅读它们呢？通篇从头读到尾吗？
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对于这种「敲门砖」级别的文献。**如果有时间肯定是要通读多读，读透读懂的**。对于研究论文我前面已经仔细介绍了阅读的诸多环节。其实对于综述，首次见面还是一样的流程：
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1. 第一轮筛选就不需要了，可以直接入库，然后**阅读综述标题摘要，快速看看插图，获取对于该综述的大体印象**。相当于你要完成 comment，还有补充 tag，rating 之类的。这个步骤要争取在10分钟内完成。
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2. 第二轮也同样是「解析文章骨架」，但是却并不是去概括前面所提到的三要素，而是**根据综述的 introduction 和后面的小标题**，绘制一个简单的**思维导图**（对应了综述的大纲）。
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3. 第三轮也还是「按需搜索」，就是基于思维导图，思考**判断你实验室或者课题目前处于这张思维导图的什么位置（或者离得最近的）**。读完了 introduction 之后直接跳到这个部分仔细阅读。
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### 修改文献阅读笔记类型
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虽然流程大体相似，但在 obsidian 的笔记撰写操作上略有不同。
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![[Pasted image 20220325144654.png]]
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由于创建文献笔记时默认的 ptype 是 article（如上图所示），所以对于综述类，你需要手动修改 front-matter 中此项值为 review。完善 front-matter 信息有助于你后续的文献管理和信息聚合。
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### 制作思维导图
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研究论文通常都是 「narrow down」的逻辑结构：先说一个大的研究领域，然后圈出其中一部分指出问题，逐步聚焦到一个非常具体的小问题上。而综述可能刚好相反：就一个比较大的概念，不断延伸扩充各个子领域的研究进展。
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![[Drawing 2022-03-25 16.08.08.excalidraw]]
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%%上方是使用 Excalidraw 插件制作的手绘插图%%
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所以在解析综述的骨架上，你完全可以采取你熟悉的工具去绘制美观的思维导图再截图贴过来。但这里我推荐obsidian直接做思维导图，以保持整个工作流的连贯性。
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![[Pasted image 20220325152430.png]]
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obsidian中搞思维导图，利用了 Mind Map 插件，你只需要正常写内容就可以了。
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在综述文献笔记中，你可以按`Ctrl+Q`，在 quickAdd 命令面板中选择 `🧠思维导图`，根据模板创建新的页面。完成后按`Ctrl+Shift+E` 就可以看到自动解析出来的思维导图。然后直接截图贴到文献笔记即可。
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```ad-info
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title: 下节预告
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当介绍完如何阅读综述类文献之后，怎么读文献这个事情就差不多了。与写日志类似，这都是在生产一些知识碎片，接下来一定要定期的整理，然后有所总结。所以下一节内容对阶段性文献阅读小结作一定说明。
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```
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page:: 13
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+64
@@ -0,0 +1,64 @@
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title: 阶段性文献阅读小结
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date: 2022-03-26 14:14:58
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excerpt: 写文献阅读的小结其实跟日志小结的思路是一样的。
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tags: []
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rating: ⭐⭐⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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```ad-info
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title: 友情提示
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按照平均每天阅读一篇文献的最低标准，基本上一周就会积累不少零碎的阅读笔记了。这个时候一定要找个时间，定期撰写阅读小结。这是最浅层次地对已完成泛读（即完成[[解析文章骨架]]）的文献进行的整理回顾和思考。
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```
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### 创建文献阅读周小结
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你可以从每天的日志出发，在某一条 track，按 Ctrl+Q 打开 quickAdd 命令面板，选择「🍭阅读小结」快速按照指定模板（见[[每周文献小结]]）创建文献阅读小结。
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### 文献小结大纲与说明
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文献阅读小结使用模板继承自日志周小结，所以 front-matter 基本是一样的：
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![[Pasted image 20220326144211.png]]
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撰写完毕后注意对 front-matter 中的信息进行补充。
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![[Pasted image 20220326144253.png]]
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正文部分主要又三块，首先是近期阅读文献清单，也是继承自[[阅读清单]]，但是时间段已经固化，会显示文献小结创建时间倒推一周内的已读文献。
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基于前面一目了然的已读文献列表，我建议你可以写一下阅读这些文献之后，自己对于课题，对于所处领域以及各方各面的印象还比较深刻的收获。
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最后一部分，你可以思考下自己还有什么疑问需要继续阅读什么方面的文献。也可以思考基于已读文献，可能有什么新的idea。
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### 如何插入参考文献
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撰写文献小结的时候，不可避免地要插入参考文献。在 obsidian 中，你可以使用双链指向文献的 mdnote 文件。一般都是 `[[@citationKey]]`。
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![[Pasted image 20220326145616.png]]
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但实际操作过程中，我建议你再次进入到 mdnotes，查看具体的文献笔记内容，并且跳转到 zotero 中查看原文以及内部批注（**相当于复习**）。如上图所示，文献笔记中`Local library`后面的地址，可以按住 Ctrl 后鼠标左键点击，跳转到 zotero 中并预选中该条文献条目。
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![[Pasted image 20220326145841.png]]
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在 zotero 中选中要引用的条目，按`Ctrl+Shift+C`，就会生成该条文献的`[[@citationKey]]` 并复制粘贴板中，接下来直接到小结正文中粘贴即可。
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### 导出文献阅读小结为pdf
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![[Pasted image 20220326150413.png]]
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如果你导师或者实验室有要求定期提交文献阅读小结，可以直接点击该小结页面的「选项」，然后选择导出为PDF即可。
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```ad-info
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title: 下节预告
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已阅而未精读的文献会随着时间推移而越来越多。但不要慌，首先从没有必须精读每一篇文献的规定和必要，其次读文献的更重要的目的是解决困惑和产生idea。所以当有一定文献积累之后，就是时候进行更高级的主题和比较阅读了。
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```
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page:: 14
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Executable
+38
@@ -0,0 +1,38 @@
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title: 完整导出项目
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date: 2022-03-29 10:11:03
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excerpt: 利用python脚本一键导出所有项目相关资料。
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tags: []
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rating: ⭐⭐⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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title: 友情提示
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要导出一个项目所有零碎的文件不是件容易的事儿，但是在本模板库中它就是一个按键的事儿。
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相信你对obsidian了解加深后，很快就会发现这种基于本地文件的数据管理方式有一个弊端，就是太碎片化了。虽然我们在笔记中各种双链引用，玩得不亦乐乎。但是当你导师要求你移交所有项目相关资料给他时，你绝对会傻眼的。
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为了方便，我们希望能够在一个 vault 库中放所有的内容。生活日记和工作日志，文献笔记和实验记录各种混淆在一起。你不可能把整个 vault 压缩了发送给别人。这不仅过于笨重，而且还会泄露隐私。
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不过好在，本教程中模板库将项目统一放到 03-Projects 的子目录中，在一定程度上实现了「写日志」、「读文献」和做其它课题项目的物理分隔。在此基础上，你可以**打开想要导出的项目文件夹中任意一个页面，然后执行 `quickAdd: 📦导出项目` 命令**，即可导出项目的笔记和附件，还有被直接双链引用的页面到用户桌面。
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所以千万不要在草稿事务中引用你的每日日志，否则这些涉及隐私的日志文件也会被导出。
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为了方便，与项目一起被导出的还有本模板库所必需的一些文件。你可以把这个当作是一个新的 obsidian vault给人使用。当然了，你可以先打开这个新的库check一下内容是否正确显示，附件文件是否遗失，以及涉及隐私的内容被错误导出等等。
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而对于项目涉及的原始数据部分，在[[规范的实验记录#^yapxwe]]中我们已经提到，由于数据量大，一般不作为附件存入库中，只是会插入其文件路径。所以你可以把移动硬盘移交并提示导师修改硬盘盘符为你自定义的`Y`，以支持从 obsidian 笔记到原始数据的正确跳转。
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title: 下节预告
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到这里，obsidian_vault_template_for_researcher 提供的三种 workflow 基本介绍完毕。
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```
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Executable
+63
@@ -0,0 +1,63 @@
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title: 工作小结与周汇报
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date: 2022-03-28 20:29:26
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excerpt: 梳理和总结工作有助于提高效率。
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tags: []
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rating: ⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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title: 友情提示
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这部分内容很多前面已经提过，所以主要是增加对制作任务甘特图的说明。
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```
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### 在幻灯片中总结工作
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虽然文献阅读周小结我建议单独新建页面进行撰写（详见[[../2-obsidian读文献/阶段性文献阅读小结]]），但是工作小结方面的内容还是推荐并入[[../1-obsidian入门/每周定期汇总小结]]中。
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由于周小结往往需要进行幻灯片展示给他人，所以可以从周小结页面通过双链再新建一个幻灯片页面来进一步汇总整理本周完成的课题相关的事务。如何制作 obsidian 的幻灯片其实也在第一章就介绍过了（详见[[../1-obsidian入门/在obsidian中写幻灯片]]）。
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### 从看板的归档任务创建甘特图
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你可以在周小结页面，通过 `quickAdd: 🐸任务存档` 来一键完成本周项目任务的看板流程。
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它会根据[[任务看板]]中已经归档的内容（参考[[新建课题项目#利用看板管理任务]]），生成一个甘特图，从而直观显示本周你在课题项目中的事务进展。示例如下方。
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```mermaid
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gantt
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title 本周项目事务甘特图
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dateFormat YYYY-MM-DD HH:mm:ss
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axisFormat %m-%d
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section obsidian
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这是一个测试 :t1, 2022-03-28 14:32:45, 2d 10min
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section 测试
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做饭 :t2, 2022-03-29 14:32:45, 3d 30min
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洗碗 :t3, 2022-03-30 16:32:45, 1d 30min
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```
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你当然可以把这段甘特图代码拷贝到工作汇报的obsidian幻灯片中，它在幻灯片中也是能够正常显示的。
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注意此命令并不会帮你删除看板中已归档的内容。因此会逐渐累积过去所有已归档的内容制作甘特图。如果你只想显示一周内的。你可以定期每周制作完甘特图之后，删除已归档卡片内容。
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### 归档记录并查看概览
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前面我们已经再三提醒，草稿的 front-matter 部分的 destination 相对路径信息要填写正确。这样才可以对所有 `01-Diary/本周事务` 中的草稿使用`QuickAdd: 📒草稿归档` 命令以自动归档。
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![[Pasted image 20220329092656.png]]
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正确归档后，你可以按住 Ctrl，click该项目的子文件夹查看其overview（参考[[新建课题项目#项目概览]]），如上图所示，你可以很直观地以卡片的方式（卡片会抓取笔记中图片和文字作为内容摘要）查看每一次的实验记录。
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title: 下节预告
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关键性的实验结果拿到以后，一般这个课题就可以开始动手撰写论文草稿了。
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page:: 22
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Executable
+80
@@ -0,0 +1,80 @@
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title: 撰写论文草稿
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date: 2022-03-29 09:01:36
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excerpt: 你以为的论文初稿在我这都算是终稿了。
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tags: []
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rating: ⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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title: 友情提示
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这一节内容涉及到的操作很多前面都提到过，主要是复习下「版本控制」的思路和操作。
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```
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### 复制粘贴完成初稿撰写
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当实验记录和有效实验结果积累到一定程度，课题的核心目标或者猜想得到验证后，便可形成一个初步的草稿。
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撰写论文草稿与撰写实验记录一样，走「看板流程」，然后归档到课题项目的`文章草稿`子目录中。
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不过撰写论文草稿可以使用[[论文草稿模板]]，已经按照论文主题划分好了 Title，Abstract，Introduction，Results and Discussion，Conclusion 几个部分。
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一般大家可能认为初稿起码要达到段落语句通顺，图表大体完成。
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事实上在我提供的流程中，这还远着呢！
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最原始的初稿就是实验记录和实验结果以及更前期文献调研报告的拼凑。
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所以形成第一步初稿只是一个资料整理的工作。你也不要着急换成英文写。
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在前期文献调研的时候，就可以填充 Introduction 部分。
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而有效的实验结果整理好后，可以把文本内容直接复制过来。
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所以你看，前期做好了整理，到形成文章初稿主要是复制粘贴的工作。
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这个初稿可以说是非常粗糙的东西，但是包含了基本的信息，但这就已经足够了。
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另外为了跟导师沟通交流方便，你也可以另外制作幻灯片。不过幻灯片就没有那么多细节和废话了。
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### 初稿迭代与版本控制
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得到了我上面所述的第一版初稿，第二版初稿再往后就是要不断迭代。
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类似于[[整理实验方法]]中提到的**版本控制**策略，你可以使用「嵌入引用」的方式在第二版初稿中插入第一版的内容，作为 History。
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![[整理实验方法#创建和撰写protocol整理页面]]
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为了编辑和预览同步，你可以点击第二版草稿页面的「更多选项」，选择「上下拆分」或者「左右拆分」。再对新拆分出来的相同的panel开启预览，然后再点击原页面的「更多选项」，进一步点击「与其它面板关联」，最后选中开启预览的面板。
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![[Pasted image 20220329095309.png]]
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这样做的好处，就是你可以一直看着之前版本的内容，在新版本中进行内容修改迭代。然后使用 quickAdd 命令导出为 word 文档的时候并不会插入这些被嵌入引用的历史版本的内容。
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### 论文中插入参考文献
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参考[[../2-obsidian读文献/阶段性文献阅读小结#如何插入参考文献]]。注意如果是一句话引用多篇文献，citation key 的双链引用直接用空格隔开即可。
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### 论文草稿导出为word
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参考[[规范的实验记录#导出已完成实验记录为word文档]]，注意导出的 word 文档中 bibliography 默认是 acs-nano 的格式。作为论文草稿它其实足够用了，自带DOI链接，可以随时查看原文链接。
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现在很多杂志还是接收 word 版本的投稿，所以很多老师也习惯于用 word。然后你希望你的老师帮你改文章的话，最好提供给他们这个 word 文档。
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另外自定义导出功能还会把引用了的文献打包导出为 **refs.bib** 文件，会用 latex 的童鞋也可以方便地使用这个子文献库文件，进行后续的论文写作排版。
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不过话说回来，写论文从来都是先把内容搞定，最后再调整格式排版。当**论文内容上已经完成不再做修改的时候，我们这个初稿才算是迭代完成**。
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```ad-info
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title: 下节预告
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一般说来，论文发完，整个课题项目的所有资料就可以进行导出存档操作了。
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page:: 23
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Executable
+66
@@ -0,0 +1,66 @@
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title: 整理实验方法
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date: 2022-03-28 18:35:17
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excerpt: 整理好的实验方法是一种宝贵的积累。
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tags: []
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rating: ⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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title: 友情提示
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整理实验方法其实非常简单，主要是借此谈一谈obsidian的嵌入引用功能
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### obsidian嵌入引用
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相信前边已经注意到大量的双链引用，如 `[[something]]`，还有插图如 `![[image.png]]`。前者通常指向某个页面或者附件文件，后者多了一个感叹号之后就实现了嵌入，即在当前页面显示链接文件的内容。这就叫嵌入引用了。
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当然了，嵌入引用能够显示其内容的文件类型非常有限，仅包括图片文件，如 png、jpg、gif 格式的。而音频文件我只测试过 mp3，视频文件仅测试过 mp4，这些多媒体文件也可以正常显示。另外还可以嵌入显示 pdf 文件。这么多文件可以嵌入显示，显示其它笔记页面的内容自然不在话下。比如：
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![[规范的实验记录#分享嵌入视频的实验记录]]
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上边的嵌入引用就可以在预览模式中显示存在于[[规范的实验记录]]中的内容。由于创建双链是obsidian最基础的功能之一，所以在输入的时候有很多补全提示，如下图所示：
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![[Pasted image 20220328184354.png]]
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嵌入引用别的笔记中的内容，可以尽可能地复用一些东西，减少重复性的工作，同时也可以通过这种方式建立多个笔记之间的相互链接引用关系，是一举多得。关于双链引用还有很多种玩法。但是我**建议初学者仅在整理实验方法或者整理主要的实验结果上使用**。
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### 创建和撰写protocol整理页面
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同[[规范的实验记录#从看板创建实验记录草稿]]，建议你也从看板创建 protocol整理页面。
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![[Pasted image 20220328185811.png]]
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在protocol整理页面中，注意在 front-matter 中添加 `#protocol` 专属标签。这样你以后就可以通过标签搜索快速找到文库中所有的整理好的实验方法。
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如上图所示，借鉴了 git 做版本控制的思路，其实主体内容仅包括两大部分：
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1. Master，也就是最新修订版本，建议使用列表完整地撰写。你可以在下次做实验直接**将此部分文字复制到新实验记录中**。
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2. History，也就是历史版本，当实验不顺利需要对具体方法步骤做调整（在实验记录中），可以通过嵌入引用的方式指向被修改的地方，并作必要说明。
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obsidian 不仅仅可以嵌入引用整段标题作用范围内的内容，也可以具体引用某一行的文字。
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你只需要右键单击此行，会出现一个右键菜单，你再点击`copy block embeded`，就可以把这一行的嵌入引用的对应文本，形如`![[some_page^ei2fi3]]`的内容复制到粘贴板，然后在其它页面粘贴一下，就使用了对这一行文本的嵌入引用。
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实验结果和实验方法类似，都不是一次就能搞定的。所以都可以采取这种「版本控制」方式进行整理，就不再复述了。不过作为实验结果整理页面，你同样可以加上专属标签如 `#results` 。如果实验结果涉及比较繁重的数据分析过程和方法，比如要写代码，你可以考虑使用本教程提供的[[代码整理模板]]。
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### 导出和分享protocol
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一份稳定了好用的 protocol 当然是值得打印出来的（随时随地可以查看）。你可以直接使用 obsidian 的导出 pdf 功能，它会根据你使用的主题样式生成排版好的 pdf 文件，然后打印出来。值得注意的是，**嵌入引用的内容同样会被打印出来**，其它各种插件和代码块（如admonition、mermaid、excalidraw）的样式效果都会被正确渲染。
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如果你希望导出 word 版本做更简洁更正式的终版编辑，可以参考[[规范的实验记录#导出已完成实验记录为word文档]]，此时嵌入引用的 History 内容将不会显示。
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```ad-info
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title: 下节预告
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做实验不仅仅是记录和方法，还需要跟很多具体的实物打交道，比如试剂、耗材、仪器等等。这些实物的信息同样是我们需要记录和在写论文的时候的提供的。所以我们也可以在obsidian中对这些实物的信息进行建卡管理。
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```
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page:: 20
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Executable
+74
@@ -0,0 +1,74 @@
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title: 新建课题项目
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date: 2022-03-28 10:42:38
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excerpt: 主要涉及FolderNote和看板插件的使用
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tags: []
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rating: ⭐⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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```ad-info
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title: 友情提示
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与写日志、读文献不同，用obsidian做课题项目将会使用另外一套流程，主要涉及到[[任务看板]]的使用。
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```
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### 项目文件目录说明
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对于任意一个项目，你可以在`03-Projects`目录下新建一个文件夹，并使用项目名称或者关键词命名。
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此处为基础研究课题项目为例，一般一个课题项目会以论文发表为阶段性终点。而一篇论文背后主要包括：
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- 实验记录：主要是实验操作，试剂耗材仪器设备使用和原始结果的记录
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- 结果汇总：主要是有效原始数据处理和讨论分析此类内容的整理汇总
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- 论文草稿：根据课题立项依据、有效实验结果进一步组织的论文草稿相关内容
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- 经验汇总：项目进行中结合实践经验和参考资料整理形成的protocol，包括做实验也包括数据分析处理和可视化作图
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所以可以在项目文件夹内再新建上述四个 folder。如果是其它类型的项目，你可以根据自己的需求做好顶层设计，方便后续项目资料记录的分类整理。
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### 项目概览
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![[Pasted image 20220328110943.png]]
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如上图所示，本教程提供的模板库内置了 Folder Note 插件，你可以按住 Ctrl 点击左侧的项目文件夹打开概览页面。在预览模式下可以卡片形式显示。同理，你也可以对诸如 `1-实验记录` 这类子文件夹，使用 Ctrl + Click 的方式查看概览页面。（具体参见）
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![[Pasted image 20220329090857.png]]
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文件夹笔记概览用到的代码如上，注意默认新建的文件夹概览页面 noteOnly选项为 true，是不会显示子目录 folder的。然后 style 也还有另外一个选择为 strip。
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注意文件夹都只是用于分类收纳的。所以我们新建的草稿，先是自动存储在`01-Diary/每周事务`中，草稿完成后按照 front-matter 中 destination 的相对路径，被转移到指定的目录内。
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除了插件自动生成的内容（card or strip），Folder Note 页面有多种使用方式：
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1. 如果是很有逻辑的创作类项目，将其作为大纲页面，先预填写章节的标题，然后慢慢填坑，就像我在[[README#黑曜石玩家指南书籍目录]]中做的一样。
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2. 如果是实验记录之类的普通项目，可按`Alt+E`插入[[文件夹目录模板]]，可以显示文件夹内所有笔记的标签云和笔记摘要等信息，注意此时笔记是按照创建日期进行排序的。
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### 利用看板管理任务
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![[Pasted image 20220328143508.png]]
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一个项目比如是分割成许多任务逐步完成的。对于课题项目中的任务，我建议你使用[[任务看板]]进行管理。你可以` Ctrl+Q` 打开 `quickAdd 面板`，点击 `🐮新建任务`。
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在 New Task 的弹出输入框中，建议你先输入一个或若干个专属标签，如`#obsidian搞科研`，然后空格，再输入具体的任务名称，注意尽量简短。回车确认后，你就可以在 `00-MOC` 目录下的 [[任务看板]] 页面中看到该任务卡。如果已经开始执行，你可以把它拖拽到 Doing 面板中。
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![[Pasted image 20220328144201.png]]
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如果任务已经完成，再将该任务卡拖拽到 Done 面板中，并**及时**点击 Archive card，给该任务添加上完成时间戳。
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![[Pasted image 20220328144443.png]]
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将任务看板打开为 markdown 文件你可以看到，在归档下边，已经完成的任务包含了完整的起始时间戳。这个时间戳很重要，后面我们进行周小结的时候可以利用归档信息绘制甘特图（参考[[工作小结与周汇报#从看板的归档任务创建甘特图]]），那么就可以一目了然地看到一周内项目的具体进展。
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```ad-info
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title: 下节预告
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在一个课题项目的执行中，首当其冲就是做实验，而写好一份实验记录就非常重要了。
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```
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title: 本章小结-祝您科研精进
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date: 2022-03-29 10:39:18
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excerpt: 教你技术不是让你内卷的。
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tags: []
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rating: ⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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本来我是想给这章的小结起一个轻松的名字，比如「祝您文章大发」。但又觉得土里土气的，毕竟文章嘛，只是身外之物。所以我就给改了下，换成了「科研」。这科研就包罗了更多东西，比如思辨能力和学术品味的提升。
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搞研究，说实话，成果多少是可以做出来的，所以文章无论怎样也是可以发的，这是一个确定性的事情。但是要做真正创新的突破性的成果，发好的文章，多少有些运气在里边，这是一个不确定性的事情。所以我只能用「祝」这个动词，表示「祝你好运」。
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因为即便你很好地利用了 obsidian 这个工具，采纳了我提及的 workflow，能否真正在学术道路上取得较大的成就，这也是无法保证的。就像坚持跑步能增加耐力，**参考本教程能带给你的确定性，只是信息高效管理这种技能的进步和提升**，仅此而已。
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我留意到近些年选择读研的同学越来越多。即便知乎上劝退文再多也无法阻挡这种趋势。生化环材都说是天坑但是入坑的同学同样络绎不绝。或许，很多人可能觉得没得选择吧。虽然读研没钱，但好歹还能弄个学位，如果用功一点还能学点真本事。每个人心中都有自己的小账本。
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我也留意到大家越来越感叹学术圈之内卷。学历贬值是一日快过一日，更不用说被称之为「硬通货」的发表文章成果。早几年一篇顶刊能直接给副教授的年代早已一去不复返，多少青年才俊过去是望「洋」兴叹，现在是望「家」兴叹。
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我还注意到一些诸如「图片误用」或「符合当年标准」的学术圈丑怪现象。这些情况或许可以归咎于当时的条件限制，比如没有像我提供的这类科研工作规范流程与工具链。但归根揭底还是因为知识壁垒太高，没有足够多的局外人去关注这个群体，然后正确客观地评价科学家们的工作。缺少实质意义的阳光和透明，所以同行评议慢慢演变成了圈子文化，固步自封而已。
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虽然当前情况不妙，但总的来说，我觉得**对于个人而言，研究生还是值得一读的**。因为研究生更像是职场，但与职场不同的是，你是可以在科学探索中犯错而不用承担特别大的代价（除了安全事故和违反学术道德之类严重的情况），相对宽松的环境会给你足够的成长空间和思考未来的空间。
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我想强调的是，**即便读研到博士毕业，也不要轻易觉得自己应该或者适合继续去做学术研究**。博士之后的学术研究是职业范畴，跟做其它项目是类似的。你应该认真考虑自己真正想从事的事业，那种到临终之时不会后悔的事情。而且经过了研究生阶段的训练，你也应当有这个自信——干什么都不会混得太差。
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所以我觉得还是应该将自己的体会和经验分享出去，让新加入的研究生大军，能够相对规范且高效地成长起来，哪怕以后不能成为教授学者，凭借多年的科研训练和形成的缜密思维和学术鉴赏力，也能够作为一个合格的旁观者，关注和评议科学成果，帮助学术圈在阳光下健康成长。这样形成的真正的科技繁荣的局面，于你于我，于全世界普通人都是一件幸事。
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扯远了。回到本教程来说，前期我只是疯狂描述该怎么操作工具以完成三种基础的 workflow。这是为了降低 obsidian 的使用难度，让普通用户能够以尽可能低的学习成本去完成足够多的事情。
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但是作为笔记软件，一千个用户就有有一千种 obsidian。用户越发熟悉使用之后（比如用上半年之后？），总归要根据自己的实际情况做出调整，这就不可避免地需要进一步了解实现各种便捷功能的插件和底层代码。
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本来我还想就此做一些说明，但其实相关插件教程网上导出可以轻松找到，而python代码对于会的同学来说也很简单，可以直接看代码而无需我做太多解释。再加上对于绝大部分普通用户，三大 workflow 其实是足够用的。**最重要的是自己做了修改之后，就不能应用我最新的模板库升级了**。
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所以本模板库教程，就到此为止了，最后再次祝您，科研精进！
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Executable
+108
@@ -0,0 +1,108 @@
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title: 规范的实验记录
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date: 2022-03-28 15:18:43
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excerpt: 撰写实验记录可以说是基本功了。
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tags: []
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rating: ⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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```ad-info
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title: 友情提示
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本节内容主要涉及实验记录的创建，撰写和自定义导出为word文稿并打印等内容。
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### 从看板创建实验记录草稿
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![[Pasted image 20220328160854.png]]
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在obsidian做课题的工作流程中，有些任务相对比较复杂，不是任务看板中一句话就能说清楚的。比如做某某实验，这个时候我们可以右键点击该任务卡片，选择从卡片新建笔记。
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该动作会以[[草稿模板]]自动在 `01-Diary/本周事务` 中生成以该任务名为文件名的草稿。
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请务必采取上述看板流程创建实验记录（而不是从日志的Tracking中直接新建任务类草稿），其它任务相关的笔记草稿都是如此。
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### 插入实验记录模板
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![[Pasted image 20220328161147.png]]
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创建好的草稿你需要补充完成 front-matter 的信息，具体参考[[../1-obsidian入门/obsidian撰写草稿#front-matter]]。然后你可以使用 templater 插入[[实验记录模板]]，操作方法可参考[[../2-obsidian读文献/解析文章骨架#插入文章骨架模板]]。
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### 实验记录结构说明
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![[Pasted image 20220328162959.png]]
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如上图所示，实验记录一般可以分为五个部分：
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1. 目的和预期：为什么要做这个实验，要解决什么问题，有什么预期（假设）？
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2. 方案设计：实验组和对照组，控制的变量是什么，观察什么指标，如何验证假设预期？
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3. 材料仪器准备：根据实验方案和实验步骤确定，提前准备和预约。
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4. 实验步骤：具体的实验步骤，按顺序一条一条写，或者使用表格。
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5. 结果和分析：简单比较实验组和对照的初步原始结果，理解所控制的变量和实验观测指标的关系，检验前面的实验预期，得出有效结论。
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其中前四个部分都可以在真正做实验之前撰写完毕，然后导出为 pdf 并打印出来（可参考[[../2-obsidian读文献/阶段性文献阅读小结#导出文献阅读小结为pdf]]）。拿着这个去做实验，如果有什么临时变化可以标记修改。做完实验拿到数据之后再填充第五部分。
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```ad-tip
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在材料仪器准备方面，你完全实现对每一种材料试剂，仪器设备单独建立信息页面，然后在实验记录中直接创建双链引用即可。详细内容可参考后面章节👉[[试剂耗材仪器信息管理]]
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```ad-tip
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title: 插入路径
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虽然obsidian可以通过拖拽的方式把任意类型的文件转存到 08-Assets 目录，并将双链引用插入到笔记中，但是我并不建议你把原始数据（通常比较庞大）直接弄到文库里，这样会变得非常 heavy。这种情况下你可以用一个大容量硬盘，设置其盘符为不常用的 `Y` 之类的。然后通过 `quickAdd: 📂插入路径` 的方式，然后将数据所在路径拷贝到Enter value输入框中，创建指向实验数据所在文件夹的超链接。
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^yapxwe
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%%注意不要在Admonition中插入图片，否则使用 clear unused images 将会清除此类图片%%
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### 导出已完成实验记录为word文档
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实验记录是科研项目中重要的存档资料，过去很多情况是直接在纸质实验记录本上誊写的。但显然电子实验记录比纸质记录有着太多优势：
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- **书写速度快**，打字速度一般能到160字/分钟，更不用说可以复制粘贴
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- **容易搜索相关信息**，如果要查阅过去的电子实验记录内容非常简单，而纸质记录要翻找半天
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- **简洁高效的排版**，使用本教程书写实验记录只需专注于内容，无需在意格式排版也能得到整洁美观的打印版本
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也有人担心电子记录容易被篡改。事实上你可以将课题项目的整个 folder 单独使用 git 进行管理。每一处文本修改都会自动生成记录。
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当然现在仍然有很多老一辈的科研人并不懂也不愿意接受这些新鲜事物，所以请你务必征求导师同意后，每周定期将电子实验记录导出并打印为纸质版，装订好让导师签名并附上日期。
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obsidian 并没有提供直接导出 word 文档的功能。但是在本教程提供的工作流中，pandoc 工具可以完成该功能（详见[[../1-obsidian入门/软件下载安装#pandoc 安装与配置]]）。具体操作上，你只需要执行 `quickAdd: 👑导出笔记` 命令即可。
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![[Pasted image 20220328165705.png]]
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执行该命令后，会将笔记导出到用户桌面的 `obsidian-export` 目录。笔记机器相关文件将存放于同文件名目录下。在此目录下生产的文件如上图所示。
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![[Pasted image 20220328170018.png]]
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可以看到，word 文档中的提供了实验的标题和实验记录的创建日期。但是图片都是全宽显示，可能导致页面存在大量空白，所以你可以进一步对 word 文档中的图片大小进行调整（按住shift使用鼠标进行拖拽实现等比例缩放），最后双面打印出来。
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### 分享嵌入视频的实验记录
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在 obsidian 中撰写笔记，你可以随意地插入多种多媒体资源，比如音频、视频、动图。在 obsidian 预览页面中它们都可以正常的显示和播放。但是导出为 word 文档后多半是无法正常显示的。
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可是有些时候，我们希望给导师看视频结果（且包含详细上下文描述）。为了满足这个需求，`quickAdd: 👑导出笔记` 命令还可以生成可断网独立访问的 html 文件，将多媒体文件数据嵌入到页面中。所以你可以将上一步导出实验记录产生的后缀为 `.html` 的网页文件发送给他。经过测试，手机（微信）上是可以直接打开 html 的。但是千万不要嵌入过大的视频文件（建议小于30M）。
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### 使用自定义导出笔记功能的重要说明
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obsidian 可以使用双链内的声明，如`![[image.png|300]]`，实现图像显示大小的调整。由于代码开发暂不完善，自定义导出笔记功能暂时不支持对此类情况的解析。所以对于**需要导出为word的笔记，请不要在obsidian中调整图片的大小**。
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笔记中插入了参考文献时（参考[[../2-obsidian读文献/阶段性文献阅读小结#如何插入参考文献]]），**自定义导出笔记时会生成 bibliography 需要联网**，否则会报错导致无法实现格式转换。
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自定义的 `quickAdd: 👑导出笔记` 功能尚不完善，且涉及诸多文件和路径，还依赖于 pandoc 实现从markdown 格式到 docx 和 html 的转换。所以如果这两种格式的文件并未生成，请从 command-docx.txt 或者 command-html.txt 拷贝对应的命令，在导出目录下新建 terminal（cmd）运行查看报错信息。
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```ad-info
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title: 下节预告
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刚开始做实验，我们会自然地希望尽快掌握实验方法技巧。一个好的实验室一般都会流传着好用实用的protocol。这个在某种意义上是实验室真正的积累，因为篇幅有限，发表论文上的methods大多省略了太多细节。而决定成败的往往就是细节。所以下节内容将详细讨论如何形成protocol积累。
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```
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page:: 19
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+85
@@ -0,0 +1,85 @@
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title: 试剂耗材仪器建卡管理
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date: 2022-03-28 19:29:08
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excerpt: 没想到obsidian也可以用于管理试剂库存。
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tags: []
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rating: ⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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```ad-info
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title: 友情提示
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此节内容主要涉及 obsidian制作卡片相关的流程，又稍有不同。
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### 创建卡片
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![[Pasted image 20220328194441.png]]
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在obsidian界面左侧边栏中，你可以找到「创建新的 ZK 卡片」的按键，点击后会自动在 `06-Cards` 目录中生成卡片，并跳转到新建卡片页面。
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![[Pasted image 20220328194629.png]]
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在编辑模式可以看到，卡片的文件名是自动按照时间戳进行编码的。然后根据[[卡片模板]]生成的 front-matter 信息也非常简单：
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1. alias：这里你可以填写试剂耗材的简短别名，比如用 DMSO 代替二甲基亚砜。这样你后面在实验记录中如果要使用双链引用这个试剂，可以通过别称从文本补全列表中快速找到此试剂。否则通过记住这个时间戳文件名就太难为人了。
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2. tags：卡片标签，多个标签用空格隔开。有了标签，我们可以比较轻松地实现卡片信息地分类检索。所以你可以在这里把标签当作分类来用。比如是试剂就用试剂库存作为标签。是仪器设备类的卡片就用仪器设备做标签。
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### 插入试剂模板
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如果这是一张试剂卡片，你可以用 Templater 插入本模板库中已经提供的 [[试剂卡片]] 模板。进一步快速填写卡片内容。
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![[Pasted image 20220328195307.png]]
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如上图所示，我采取了 dataview 所能识别的 `key:: value` 的方式来组织卡片信息，其好处就是后面可以在 `00-MOC` 中使用一个页面 [[试剂库存管理]] 直接对所有的试剂卡片做 query。
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对于一个试剂类的卡片而言，比较重要的信息不外乎：
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- 名称
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- 存放位置
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- 类别
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- 余量
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- 规格
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你当然可以根据自己的情况和喜好进行增减。除了补全上述信息方便 dataview query之外。为了方便，建议可以从购买的网址链接直接截图贴在卡片中（附件区域）。
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此外，试剂的购买报销也是有一套流程要走，多弄几次也可以整理成一个 protocol（参考[[整理实验方法]]）。然后这个流程中产生的一些重要的文件，比如什么表格文件，什么订单截图，发票，试剂盒说明书等等附件，你都可以直接用拖拽的方式插入到这个卡片中。它们会被自动转存到 `08-Assets` 目录下。
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仪器设备的话，不仅要记录名称型号，可能还有使用培训的一些笔记。你可以参考试剂卡片，自行涉及仪器卡片的模板。
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### 试剂库存的查询管理
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![[Pasted image 20220328200413.png]]
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请直接到`00-MOC` 目录中，打开页面 [[试剂库存管理]] 并预览，便能查看 `06-Cards` 中试剂类卡片的信息。这段 dataview 的 query 代码如下：
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![[Pasted image 20220328200535.png]]
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当你修改了卡片模板之后，可以在这段 query 中修改对应的键。
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![[Pasted image 20220328200749.png]]
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如果列表太长，你可以直接在预览模式下按快捷键，Ctrl+F，输入关键词搜索，入上图所示，结果会被框选。
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总而言之，这并不是一个成熟的试剂库存管理方案，但对于个人来说其实足够用了。最重要的是这些资料就以卡片的形式存放于你的库中，你无论是写实验记录还是写论文草稿，都可以快速地引用它。如[[202112201648|Avidin]]
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![[Pasted image 20220328201143.png]]
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而这个时候你也应该知道，在obsidian中被双链引用的内容，如果不是嵌入引用，按住 Ctrl，用鼠标悬停于引用上方是可以预览的。
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![[Pasted image 20220328201208.png]]
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**That's pretty good!**
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```ad-info
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title: 下节预告
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一周之内，看看文献，做做实验，买买试剂，学学仪器，科研工作大体就是这样。很快就到小组会时间了，你该写一下工作总结了，这该如何是好？
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```
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page:: 21
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+34
@@ -0,0 +1,34 @@
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title: obsidian快捷键
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date: 2022-03-29 13:39:48
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excerpt: 掌握常用的快捷键事半功倍。
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tags: []
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rating: ⭐
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status: complete
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destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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![[Pasted image 20220329134340.png]]
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在 obsidian 中查询和自定义快捷键非常方便。有了快捷键，能够提高一些我们日常操作的效率。下方列举了我常用的快捷键：
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- `Ctrl+E`：页面预览
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- `Ctrl+Shift+E`：幻灯片预览
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- `Ctrl+Alt+M`：思维导图预览
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- `Ctrl+Q`：quickAdd命令面板
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- `Alt+E`：Templater插入模板面板
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- `Ctrl+L`：锁定页面
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- `Ctrl+Alt+2`：对选定文字背景橙色高亮
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- `Ctrl+K`：对选定文字插入超链接
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- `Ctrl+H`：寻找并替换文字
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- `Ctrl+/`：注释掉选中的文字
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- `Ctrl+Enter`：创建或完成TODO清单
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- `Alt+T`：跳转到今日日志页面
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- `Ctrl+0` ：将编辑器的实时预览切换为纯文本编辑模式
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page:: 26
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+43
@@ -0,0 +1,43 @@
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title: obsidian模板库更新方法
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date: 2022-05-14 14:46:54
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excerpt: obsidian和插件的各种功能都在更新，因此这个模板库也得跟上。
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tags: []
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rating: ⭐⭐
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status: complete
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destination: 03-99-4
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||||
share: false
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||||
obsidianUIMode: source
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||||
created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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此模板库会不定期提交 commit 以及时修改一些 bug。经过一段时间后会发布功能和更新较大的 release。所以更新的方式分为两种：
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1. 直接从 [github 仓库首页](https://github.com/sheldonxxd/obsidian_vault_template_for_researcher)下载最新内容的压缩包
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![[Pasted image 20220514145542.png|400]]
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2. 到 github 仓库[ Release 页面](https://github.com/sheldonxxd/obsidian_vault_template_for_researcher/releases)下载带版本号的压缩包
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![[Pasted image 20220514145752.png|400]]
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下载完成后，您可以将其解压到任意位置。注意从 ***v1.3*** 版本之后，每次更新仅对以下目录及内容进行修改：
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- / .obsidian ：存放了obsidian主题插件以及相关配置文件
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- /00-MOC：存放了常用的 dataview query page
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- /03-Projects/99-黑曜石玩家指南：存放了本模板库的详细说明
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- /08-Assets/Scripts：存放了本模板库依赖的python脚本和相关文件
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- /09-Templates ：存放一些模板
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- /README.md：位于 vault 根目录的简要说明文档
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如果您没有对以上内容做自定义的修改，可以直接将解压后的上述内容复制替换您已有的 vault 库。否则请谨慎操作。
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```ad-warning
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为了测试方便，08-Assets/Scripts 中存放了 MyLibrary.bib，复制更新时注意先删除此文件，避免对您已有的文件造成覆盖。
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```
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+47
@@ -0,0 +1,47 @@
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title: obsidian第三方插件列表
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date: 2022-03-29 13:50:06
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excerpt: 简单罗列模板库中主要使用的插件。
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tags: []
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rating: ⭐
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status: complete
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destination: 03-99
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share: false
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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- Admonition：就是提供了一些告示牌的样式，使用频率不高。
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- Advanced Slides：可以在obsidian中做幻灯片，基于 revealjs，用得比较多。本模板库中做了一些魔改，增强了导出幻灯片功能。
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- Advanced Tables：表格增强相关插件，好用。
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- Annotator：可以直接在obsidian中对pdf文件做标注，可通过`quickAdd：PDF批注`在mdnote文献笔记中创建对附件pdf的标注笔记文件，后面zotero6.0 出来之后基本用得比较少了。
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- Buttons：可以通过按钮的方式执行action，避免quickAdd面板命令太多了。用例参见[[AuthorRanking]]。
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- Calendar：日历，核心插件。
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- Clear Unused Images：当你插入一张图片，然后想删除它，仅仅从笔记中删除双链是不够的。可以通过这个插件删除图片文件。
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- Collapse All：obsidian文件列表到后期会非常长，所以这个功能也非常实用。
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- Copy Block Link：复制块引用的功能增强。
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- Copy button for code blocks：同上。
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- **Dataview**：非常重要且强大的插件，把库内笔记当作数据库进行查询。
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- Editor Syntax Highlight：编辑器代码语法高亮
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- Excalidraw：可以直接在markdown中绘制插图
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- floating-toc Plugin：页面左上角悬浮toc，此插件第三方商店不可见。
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- Floder Note：给文件夹创建同名笔记页，支持卡片或者列表预览其中笔记内容。
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- Force note view mode：强制笔记被打开时是进入源码编辑模式还是预览模式。
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- Gallery：用图库的方式查看所有多媒体附件，实用频率不高。
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- HoverEditor: 支持对悬浮窗更多操作
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- Icon Folder：给文件夹添加一个小图标，简单的美化功能。
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- Kanban：事务项目管理方面的重要插件，参见[[任务看板]]。
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- MindMap：一个简单的思维导图插件，参见[[思维导图模板]]。
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- Obsidian Tabs: 开启后支持多标签显示页面。
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- **QuickAdd**：所有workflow的核心插件，可以组合各种命令，实现一键化操作。
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- Recent Files：最近打开过的文件列表，非常频繁的实用。
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- Shell commands：调用python脚本的另一种方式，测试或者与 button 连用。
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- Style Settings：可以自定义主题或者插件提供的一些样式方面的设置。
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- Tag & Word Cloud：标签云和词云，在[[阅读清单]]中有运用。
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- **Templater**：非常核心的插件，利用模板事半功倍，而且提供了与本模板库 python 脚本交互的接口，实现各种骚操作。
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- 增强编辑：主要是在幻灯片中需要对关键词高亮，可以通过快捷键快速给选定文字插入html标签。
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+53
@@ -0,0 +1,53 @@
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title: python代码说明与调试方法
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date: 2022-05-14 15:10:15
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excerpt: 本模板库相关工作流依赖于python脚本实现
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tags: []
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rating: ⭐⭐⭐
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status: complete
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destination: 03-99-4
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share: false
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obsidianUIMode: source
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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本模板库相关工作流依赖于python脚本实现，本着「能用就行」的原则，代码大多比较粗糙，如有问题，请先确认是否为最新版本（参考[[obsidian模板库更新方法]]）。更新后还有问题，因为本人通常无法及时回应，更多情况下**需要自行调试解决**。
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所有代码在使用时通过 quickAdd 命令触发 Templater 插件，然后调用各自系统的 terminal 执行相应的命令。代码文件均存放于 `08-Assets/Scripts` 目录下。没有编程基础的用户可通过斜杠命令在任意行开头输入 `/test` 可以找到相关命令，会同时在当前页面当前位置打印正常输出和报错信息。
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![[斜杠命令用于测试.gif|400]]
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以草稿归档命令为例，其正常输出为：
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- [[test3]]
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当 test3 页面中的 destination 错误时，报错信息如下：
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```python
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Traceback (most recent call last):
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File "./08-Assets/Scripts/auto_transfer.py", line 103, in <module>
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main()
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File "./08-Assets/Scripts/auto_transfer.py", line 37, in main
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if isShortLink(target):
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File "./08-Assets/Scripts/auto_transfer.py", line 53, in isShortLink
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assert '-' in target, "destination is not a valid path!"
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AssertionError: destination is not a valid path!
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```
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由于代码颇为简单，有编程基础的用户可使用熟悉的 IDE （如 VSCode）进入该目录进行底层调试。无编程基础的用户建议先查看本项目已经存在的 issue 寻找解决方案。
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### 常见issue列表
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- windows 系统无法调用 python，参考 [issue 15](https://github.com/sheldonxxd/obsidian_vault_template_for_researcher/issues/15)
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- 非 windows 系统无法正常调用 python，参考 [issue 16](https://github.com/sheldonxxd/obsidian_vault_template_for_researcher/issues/16) 和 [issue 20](https://github.com/sheldonxxd/obsidian_vault_template_for_researcher/issues/20#issuecomment-1128860155)
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- [[AuthorRanking]] 的问题，参考 [issue 13](https://github.com/sheldonxxd/obsidian_vault_template_for_researcher/issues/13) 和 [issue 17](https://github.com/sheldonxxd/obsidian_vault_template_for_researcher/issues/17)
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- 引文列表功能的问题，参考 issue [#8](https://github.com/sheldonxxd/obsidian_vault_template_for_researcher/issues/8) 和 [issue 28](https://github.com/sheldonxxd/obsidian_vault_template_for_researcher/issues/28#issuecomment-1141619386) 。
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- 任务存档功能的问题，参考 [issue 16](https://github.com/sheldonxxd/obsidian_vault_template_for_researcher/issues/16)
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- 草稿归档功能的问题，参考 [issue 15](https://github.com/sheldonxxd/obsidian_vault_template_for_researcher/issues/15)
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Executable
+71
@@ -0,0 +1,71 @@
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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### 更新日志
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**2022年6月3日（v1.8）**
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- [ ] 对已有workflow的内容说明进行新增和优化
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- [x] 删除05-Life部分及相关的流程和代码，工作和生活最好还是分开
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- [x] 修改crossref.py 和 ref_list.py 代码使文献笔记的引文列表与pdf保持一致，方便溯源。
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- [x] 优化日志模板、周小结模板和文献小结模板
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- [x] 增加foldernote的模板，可以显示项目文件夹内的页面摘要和标签
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- [x]
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**2022年5月14日（v1.7）**
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- [x] 增加本库更新与调试说明。
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- [x] 增加crossref查询的缓存机制，避免频繁连接后crossref拒绝服务。
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- [x] 更新主题和一些插件
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**2022年4月30日（v1.6）**
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- 进一步适应obsidian新版本，修改编辑器为实时预览模式。按 `Ctrl+0` 可切换为纯文本编辑模式。
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- 新增 「Obsidian-Tabs」插件以增强 obsidian 使用便捷性。按住Ctrl点击左侧目录、右侧Recent Files 列表、页面中的双链或者日历中的日期，都会新建一个pane打开。
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- 新增「hover-editor」插件，可以在双链上方按住Ctrl悬停预览小窗口直接编辑内容而无需跳转了。
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- 修复了fetch_front_matter 函数错误，避免未填写标签时草稿归档失效。
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- 修复了archived_task_gantt.py中的错误。
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- 修复了相册多图笔记导出时附件抓取错误。
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- 修改了 CrossRef 连接设置，减少查询相关文献信息时的错误。
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- 修改了[[每周小结]]模板。
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- 更新「黑曜石玩家指南」相关内容。
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**2022年4月2日（v1.5）**
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- [[阅读清单]]的front-matter增加recent_limit项，以控制近期已阅文献表格显示长度。
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- 使用 [tagcloud 插件](https://github.com/joethei/obsidian-tagcloud)，在[[阅读清单]]中增加显示文献库的标签云。
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- 增加[[阅读清单#Top30被引排行榜]]，可以显示文库中的被多次双链引用的文献。
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- 解决quickAdd：思维导图命令的模板文件缺失错误。
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- 解决quickAdd：草稿归档命令无效问题。
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- 解决quickAdd：阅读小结命令模板文件缺失错误。
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- 整理 quickAdd 命令面版并分类。
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- 将此模板库内置的mobile版本剥离到[obsidian_mobile_vault_template](https://github.com/sheldonxxd/obsidian_mobile_vault_template)。
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- 将模板库中内置的zotero插件和其它大文件剥离，以减少此库体积。
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**2022年3月31日（v1.4）**
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- 通过新版obsidian实时阅览模式兼容性测试，增加和删除了部分插件。
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- 增加 front-matter 中 destination 对于 shortlink 的支持，参考[[../1-obsidian入门/obsidian撰写草稿#front-matter]]。
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- 增加[[相册模板]]，可用于个人收藏重要的照片于`05-Life/01-Album`目录下，具体操作可参考[[obsidian新建个人相片集]]。
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- 按照`写日志`，`读文献`和`做课题`的三大 workflow对quickAdd命令进行了分组。
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- 修改了导出项目未包含02-Reading目录的bug。
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- 大致回顾梳理了《黑曜石玩家指南》并作小幅度的修改。
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**2022年3月29日（v1.3）**
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**重要提示**：此版本对文件目录做出了重大调整，使用之前版本的用户不能直接通过复制粘贴到现有库的方式实现升级，建议先了解模板库中的教程再进行操作。
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- 完善了`写日志`，`读文献`和`做课题项目`的三大 workflow所需的相关功能
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- 撰写了详细的使用教程《黑曜石玩家指南》并内置库中。
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**2022年3月13日（v1.2）**
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- 增加笔记自定义导出为word和html的功能（带参考文献，以及嵌入多媒体），方便分享
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- 修改更新 readme 文档关于【自定义导出】和【升级】的内容
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- 调整了[[阅读清单]]的说明和query和文献阅读笔记模板[[Mdnotes Default Template]]
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Executable
+59
@@ -0,0 +1,59 @@
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title: 结束语
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date: 2022-05-31 15:19:22
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excerpt: 抛砖引玉之作而已。
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tags: []
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rating: ⭐⭐
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status: complete
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destination: 03-99-4
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share: false
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obsidianUIMode: source
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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上海这波疫情之中，很多事情都在发生[奇妙的变化](https://mp.weixin.qq.com/s/4_n6fX34M70ucR5l6fYjSA)。刚开始憋在家里，差点给我整出幽闭恐惧症来，三个月里日复一日的封控生活早已适应，现在说明天儿童节要解封，反倒有点社恐了。
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言归正传，这个 obsidian 模板库的推出也算是一件有意义的事情。正如天下无不散之筵席，任何项目有开始就会有结束。复工之后，我势必再无时间精力维系于此，所以在封控的最后一天，写一段话，谈一谈自己使用 obsidian 一年来的感受，算是给这个项目一个句号吧。
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### 不要被工具束缚
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相信能看到此处的朋友，必然已经用过许多笔记工具了。以我自己为例，刚读研究生时用的 endnote + word，后来觉得 endnote 不如 mendeley 好用，word 也不如 typora 轻便美观；现在则尝试 zotero + obsidian 实现更加便捷的工作流。工具一直在进步，但是有一点从未变过：**比做笔记更重要的是及时总结分析**。
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不是我故意泼冷水。学术界大牛比比皆是，但我相信大部分仍然是采用 endnote + word 的方式，比较原始地管理着一切学术资料，而且并不算凌乱。因为大家不约而同地都有很好的习惯，就是及时整理资料，分析总结。每一次小结，都是对真正重要信息的筛选和加深对它们的印象。而这种整理总结的工作，又以发表学术论文为一个大阶段终点。
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### 写易于搜索的笔记
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如果记载了重要信息的笔记无法被迅速找到，那么做这样的笔记是毫无意义的。我当初放弃 word 做笔记的原因，也就是文件内的内容是不容易被搜索到的，虽然可以使用 `AnyTxt` 之类的工具，但总归差了点什么。后来我就使用基于纯文本的 markdown 格式的笔记工具比如 typora 了，这样我可以用各种办法（包括写一些简单的代码）找到自己想要的东西。再后来我发现 obsidian 之类的双链笔记和丰富的插件，其实已经很大程度上降低了搜索的成本。
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obsidian 的搜索功能仍然是比较弱的，当然如果你比较熟悉正则表达式就另说。为了方便使用关键词进行搜索，最简单的办法就是模仿学术论文，写「结构化笔记」，特别是要善于利用 Front-Matter 中标题（title）、摘要（excerpt）、标签（tags）、别名（alias）等属性。以标签为例，其实这就是搜索会用到的关键词，那么使用什么关键词能够准确地反映这篇笔记的内容？如果一个不够就再加一个，多少个都可以。另外为了降低日后重新阅读的成本，最好一段话就有一个小标题。总之越结构化越模板化，笔记内容 retrieve 的成本就越低。
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### 写真实真诚的日志
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最近刷到一个B站上讲[天才数学家皮茨的视频](https://www.bilibili.com/video/BV1y5411D7a6)，谈到他的陨落的原因时，重要线索是从其师娘的日记中获取的，结果弹幕居然评论「正常人谁写日记呀」？感觉还挺荒谬的，可能这娃小时候日记被爸妈偷看偷怕了吧。
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明心见性。写日志做笔记于已而言最大的作用莫过于此。人的记忆力有限，再加上自己会自动加工脑补，如果不通过日志来及时地真实地记录下来，时间一长，自我认知就会产生很大偏差。这种自己都不了解自己的境地，说实话是有点可悲的。
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另外一个方面，每个人都会有自己的秘密，而人这种奇怪的生物又越是秘密（不管是别人还是自己的）越是想曝光。出于理性的角度，不少坏人会选择写日记倾诉。我想这也是一种「正常人不写日记」的推断的来由吧。但反过来说，只要是真实的，哪怕是坏人的日志，也有很高的价值。因为大家可以由此分析并提炼经验教训。
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### 尽量发表出去
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「Publish or perish」，老生常谈了。也有点像所谓的「费曼学习法」，你能把知识传授给别人，那么才算自己掌握了。有价值的信息也是如此，不被分享的信息永远产生不了真正意义上的价值的。还是以坏人的日志为例，也只有被人剖析解读之后才能产生价值。
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与做研究一样，有好的成果就努力发表。如果你觉得什么经验技巧方法很有价值，那就试着跟人分享一下。当然，你也可以凭此或出版、或创业或其它谋生，这些都是某种形式的分享。而分享产生的喜悦，不仅仅是物质上的回报，更多我觉得是类似于自私的基因得到复制和传播的这种喜悦。
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### 写在最后
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诚如所见，此模板库虽努力实现开箱即用，但实质上却强行带人入门python，对于三大基本工作流，其实也是浅谈辄止，实感抱歉。
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因为随着进一步使用，每个人都会产生个性化的需求。所以笔记软件是非常特殊的，类似于「一千个读者就有一千个哈姆雷特」，我相信等到大家用了几个月之后，也会不满足于一个两个模板库提供的东西。估计不少同学会自建许多模板、dataview 的 query 甚至修改其它代码。
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所以本库定位仍然是「抛砖引玉」，一方面让更多人能够把 obsidian 用起来，另外一方面也给有能力有兴趣的 obsidian 开发者提供可参考的素材（包括流程和代码）。因此当有人希望我开通打赏，有人希望找我合作，我通通没有回应。一时兴起而作，如今兴尽而归，畅快。
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当然，我偶尔还是会逛下 github，看看有木有什么能够回答帮忙的，只是肯定不如以往频繁了。
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Executable
+29
@@ -0,0 +1,29 @@
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obsidianUIMode: preview
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created: 2025-08-30T11:45
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updated: 2025-09-22T13:27
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# 黑曜石玩家指南 Overview
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## 标签云
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```tagcloud
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source: query
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query: "03-Projects/99-黑曜石玩家指南"
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shuffle: true
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```
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## 页面目录
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```dataview
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TABLE excerpt AS Comment, page AS Page
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FROM "03-Projects/99-黑曜石玩家指南"
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WHERE date>0
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SORT page asc
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