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90-学习教程/99-黑曜石玩家指南/2-obsidian读文献/主题阅读与比较阅读.md

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+---
+title: 主题阅读与比较阅读
+date: 2022-03-26 15:26:07
+excerpt: 这是一件需要充分发挥主观能动性的活动，简单的说就是费脑。
+tags: []
+rating: ⭐⭐⭐
+status: complete
+destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
+share: false
+created: 2025-08-30T11:45
+updated: 2025-09-22T13:27
+---
+
+```ad-info
+title: 友情提示
+在初步阅读了一些文献，以及完成了定期每周的文献周小结之后，你可能对若干个主题或者领域产生了进一步了解的兴趣，也积累了一下术语或者关键词。接下来就可以进入到下一个环节，进行比较系统的主题阅读和比较阅读了。
+```
+
+### 重要文献的溯源
+
+首先，由于论文一般对参考文献引用是非常严格的，所以你完全可以根据若干非常重要的相关的文献，实施溯源搜索，也就是根据内容去找被引文献，甚至被引的被引。
+
+![[Pasted image 20220326153950.png]]
+
+obsidian 的双链功能为我们在自己的文库内构建文献的相互引用网络实现了可能。所以我建议你通过使用 `quickAdd: 🔎引文列表` 命令，在**文献笔记（mdnotes）** 中先插入此文所引用的文献列表。如果它引用的文献已经存在于你的 zotero 文库中，那么将自动转变为双链模式，如果还没有收录到你自己的文库，则保留DOI链接。你可以通过DOI链接跳转到原文网址进一步查看。
+
+![[Pasted image 20220326154035.png]]
+
+```ad-tip
+过了一段时间之后，你可以删除文献笔记中这个 References部分，重新执行 quickAdd 命令以刷新引文列表，从而给更多已经入库的文献更新DOI链接为双链。
+```
+
+此外，由于某些看破不说破的原因，溯源很可能会封闭于某些学术团体（一直是这伙人引来引去的）。所以在溯源的同时，你要根据已有的信息，通过各种途径进行搜索，找寻相关的具有参考价值的资料。这些途径包括各种学术搜索引擎的使用，这里我就不多说了。
+
+### zotero中建立专题分类
+
+![[Pasted image 20220326154801.png]]
+
+为了方便主题阅读和比较阅读，建议先在 zotero 中建立专题分类，将此专题的文献都收录到分类中。建议新找到的文献资料，都通过 doi 的方式添加到 zotero 的文库中（详见[[当期文献速览#通过doi将收藏文献入库]]）。一般来说，对于初级层次的主题阅读，刚开始收录30篇左右的文献就差不多了，不必求全而把时间浪费在搜寻资料上。
+
+### 创建主题阅读笔记
+
+同创建草稿的方式（参见[[../1-obsidian入门/obsidian撰写草稿]]）创建主题阅读笔记。
+
+![[Pasted image 20220326155452.png]]
+
+然后将搜索收录到专题分类中的文献条目全部选中，拷贝 citation key，粘贴到主题阅读笔记中。
+
+![[Pasted image 20220326155727.png]]
+
+注意这里相当于是引用了多篇文献。所以**引用多篇文献仅仅是把双链用空格隔开**即可。然后 citation key 是按照 citation key 的首字母进行排序的。所以为了后面方便填充笔记内容，zotero中建议按照 citation key 对文献条目进行排序。
+
+### 边读边写填充内容
+
+在主题阅读笔记中插入了大量的参考文献之后，接下来就是填充具体内容。我建议你按照 citation key 逐个逐个填充。甚至把它们制作成列表都可以。
+
+![[Pasted image 20220326160734.png]]
+
+需要注意，可能并不是每一个 citation key 都已经创建了 mdnotes，所以请按住 Ctrl，鼠标移动到双链上查看是否能够预览。如果预览为空白，则需要在 zotero 中对此条目新建一个 mdnotes 文献笔记（详见[[当期文献速览#创建文献笔记]]）。如果预览不为空，千万不要再重复创建 mdnotes，否则之前填写的一些内容（如文章骨架）会丢失。
+
+所以按照这样的操作，一个主题阅读笔记，本质上就对应了 zotero 中的分类。
+
+### 比较文献关键内容
+
+在比较阅读中，最直观的莫过于使用表格了。所以在主题阅读进行到一定阶段，你需要确定这个主题内的文献包含一些常见的重要的实验、方法或者其它指标，以此建立 dataview 插件能够识别的`key:: vaule`，填写于 mdnote 文献笔记中。注意每个 `key:: value` 必须独占一行，而且 key 之前不能有任何内容。这些都是 dataview 插件的具体使用方法，参见[[Dataview - 数据查询增强]]，这里仅提供必要操作说明而不做原理性解释。
+
+![[Pasted image 20220326163907.png]]
+
+由于按照本教程的流程，完成初步阅读的研究性文献笔记必定包含以下键值对：
+
+- novelty：创新性
+- significance：意义
+- potential：潜力
+
+所以这里仅提供 dataview 对这四个 attribute（属性） 的 query 默认模板：
+
+![[Pasted image 20220326162814.png]]
+如果你需要查询自定义属性，可以将自定义的 key 跟上面代码中第一行的 novelty、significance 或者 potential 进行替换，然后修改对应的 column名方便查看。另外一个需要注意修改的是显示为绿色的主题标签。这里补充强调下：**在进行主题阅读时，请务必在文献笔记中的front-matter 中添加主题标签。**
+
+你可以通过 Templater 插入 [[主题文献比较查询表]] 插入该 dataview query template，插入方法参考[[解析文章骨架#插入文章骨架模板]]。
+
+### 导出调研报告
+
+理论上做得好的话，主题阅读的笔记，再稍加修改润色，已经基本可以成为一份调研报告了，你同样可以导出为 pdf 发送给导师瞅瞅。导出方法参考[[阶段性文献阅读小结#导出文献阅读小结为pdf]] 。但是你会发现导出后插入的参考文献是没有引文列表的，所以你可以再针对此**草稿页面**使用 `quickAdd: 🔎引文列表` 命令，它会生成基本符合要求的 Bibliography。导出pdf后效果如下图所示：
+
+![[Pasted image 20220326174949.png]]
+
+注意标题已经自动创建了指向网页的超链接，可以在pdf直接打开网页。
+
+```ad-info
+title: 下节预告
+文献阅读积累不是一日之功，所以贵在坚持。而当你的文献库愈发庞大，读得文献也更多的时候，常常会发现有些作者总是眼熟。没错，他们可能就是这个领域中的佼佼者。所以有必要进行follow。
+```
+
+---
+
+page:: 15

90-学习教程/99-黑曜石玩家指南/2-obsidian读文献/入库文献泛读.md

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+---
+title: 入库文献泛读
+date: 2022-03-24 08:50:18
+excerpt: 非常简单，获取对文献的初步印象就行。
+tags: []
+rating: ⭐⭐
+status: complete
+destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
+share: false
+created: 2025-08-30T11:45
+updated: 2025-09-22T13:27
+---
+
+```ad-info
+title: 友情提示
+入库之后的文献要尽快全部完成泛读，不然你的未读清单会爆炸的。在我推荐的流程中，文献泛读与别处不一样，可以说简单到一篇文献最多只用5分钟即可。
+```
+
+### 打开文献工作区布局
+
+在上一节（[[当期文献速览]]）中，我们已经完成文献的入库，并创建了文献阅读笔记。
+
+![[Pasted image 20220324085359.png]]
+
+下一个阶段就是对这些新入库的文献进行泛读。如上图所示，你可以点击 obsidian 左侧边栏的「管理工作区布局」，然后选择加载「文献阅读」。obsidian 就会切换到已经设定好的界面布局，首当其冲显示的就是[[阅读清单]]。
+
+### 阅读清单结构说明
+
+阅读清单主要包含三个表格：
+
+1. 未读文献表格：表格只有两列，分别为文献笔记文件名和创建日期，并按照文件创建日期倒序排列。
+2. 近期已经阅读文献清单，这里展示的是近期文献阅读笔记存在过更新的情况，按照文件修改时间倒序排列。表格包括了标签、评分和comment，有助于概览文献情况。
+3. 组会上已分享展示的文献，展示已经制作ppt在实验室定期组会上分享的高价值文献。（费曼学习法，给人讲过的才印象更加深刻）
+
+### 泛读的目标
+
+![[Pasted image 20220324090406.png]]
+
+从文献笔记的角度来看，泛读的第一个任务就是**用一句话概括你对这篇文献的初读印象**。这句话不要太长，把光标移动到`comment:: `所在行，直接输入即可。注意两个冒号后边是有一个空格的，不要删掉，否则 dataview 插件不能解析这个信息。
+
+```ad-tip
+在写完了 comment 之后，你完全可以换行换行再在后面贴一张文章中给你印象深刻的图。因为插图比文字更能够唤起印象。
+```
+
+![[Pasted image 20220324090832.png]]
+
+泛读的第二个目标是，根据你的初读印象，在文献笔记的 front-matter 中删除原来占位置的`unread`标签，输入你自定义的标签，多个标签之间使用空格。然后再给这个文献弄一个简单的星标评分，你可以直接复制默认的一星（⭐）。
+
+完成上述目标之后，你就能在[[阅读清单#近期已阅]]中看到关于这篇文献阅读的记录：
+
+![[Pasted image 20220324091227.png]]
+
+### 初读印象该写什么
+
+我认为文献泛读的目的就是为了获取一个大概的印象。
+
+由于这种关于印象的描述和记录最终还是给你自己看，方便review的，所以尽量不要写自己都讨厌的套话废话。有时候只言片语只要你自己觉得日后看到还能唤醒这个印象就行。
+
+我个人认为首先**只能是一句话概括**。有时候你会发现大概就是把标题用自己的话翻译补充一下就ok。
+
+所以在我所提及的**文献泛读的具体操作是一个递进的过程**：
+
+1. 读标题，标题读懂了如果能够理解，就直接写初读印象
+2. 如果标题不是很明白，再读摘要，利用摘要中提供的信息对标题进行补充，完善初读印象
+
+如果读完摘要还是不懂（常见于非资深研究生），则考虑是否值得花更多时间阅读原文。由于已经入库的文档是「感兴趣」、「有点相关」、「有美感」三者必占其一的（参见[[当期文献速览#收藏还是要有一定标准]]），所以阅读原文总归要读，但可以根据你当前具体事务安排罗列优先级。
+
+比如你正在进行的课题实验，需要你对这篇文献的方法有深入的了解，那肯定要优先安排进一步阅读原文。再比如你觉得这篇文献数据分析方法和展示方法对你有帮助，同样是尽快安排上。总之记住一句话：文献无穷无尽，你必须根据自己实际情况有所取舍地阅读。
+
+所以你看，在我这个流程中，**完成文献泛读根本是不用下载原文的**，大致看下标题摘要和插图即可。通过标签和 comment 对这篇文献建立一个初步的印象，然后使用 rating 标清楚它的进一步阅读的优先级。这样就能节约大量力气，把有限的时间分配给于你而言真正重要的文献上进行下一步更仔细地阅读。
+
+### 快捷查看标题摘要
+
+![[Pasted image 20220324093418.png]]
+
+可以看到，自动生成地文献笔记已经有标题作者的信息。所以标题查看是没问题的。如果想进一步阅读摘要，可以按住 Ctrl，鼠标点击 DOI 后面的超链接实现跳转。一般而言会跳转到出版商的在线论文页面，即便需要付费也是会提供一个摘要的。
+
+### 该如何打标签
+
+标签一定是在文献泛读完成后，初步印象撰写完毕后，从你的印象中高度提炼出来的一些关键词，当然一般都是很实在的词。比如研究领域，研究对象，研究方法啥的。但这个实际上想做好很难，所以还是以自己的感受为主，目的是帮助自己，快速唤起对于这篇文献的印象和记忆。
+
+```ad-info
+title: 下节预告
+完成泛读的入库文献可以根据情况罗列「进一步阅读原文」的优先级，所以下一节就讲这个内容。
+```
+
+---
+
+page:: 10

90-学习教程/99-黑曜石玩家指南/2-obsidian读文献/当期文献速览.md

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+---
+title: 当期文献速览
+date: 2022-03-23 09:14:42
+excerpt: 又是一个小时过去了，还不错，今天就写这一节。
+tags: []
+rating: ⭐⭐
+status: complete
+destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
+share: false
+created: 2025-08-30T11:45
+updated: 2025-09-22T13:27
+---
+
+```ad-info
+title: 友情提示
+在「obsidian搞科研」这第二章的第一小节，我刚开始就谈当期文献速览，马上就感觉到不妥。因为对于真正刚进入实验室的科研小白，他们早期的文献大多是导师或者师兄师姐推荐的，需要精读的文献。其中又以综述最为重要。所以对于这部分童鞋，我建议你优先参考后面 [[重要综述如何阅读]] 这一小节。
+```
+
+### 扫阅最新发表的文章
+
+对于经验丰富的科研老鸟，在对自己研究领域内的工作有比较系统和全面的了解之后，平时应当注意跟踪所属和感兴趣的领域内最新进展，所以你需要知道一些你感兴趣的工作经常发表的杂志，定期扫阅 current issue。
+
+![[Pasted image 20220317195054.png]]
+
+比如上图是我对最近一年入库文献所属期刊的统计情况，知道了这些就可以到 [X-MOL 网站](https://www.x-mol.com/)上注册账户，然后关注这些期刊杂志。
+
+![[Pasted image 20220323092800.png]]
+
+关注之后，你可以看到，当期杂志文章会以卡片的形式呈现出来，一般会有标题和TOC示意图，你可以快速根据这些信息判断文章是否值得收藏入库做进一步阅读。值得一提的是，X-MOL还有手机APP，所以完全可以利用碎片时间完成这个「扫阅」的工作。
+
+### 收藏还是要有一定标准
+
+![[Pasted image 20220323093759.png]]
+
+这第一步仅看标题和TOC图片，说实话只是留下个印象。跟你研究领域接近，印象深刻；跟你兴趣爱好接近，印象深刻；跟你审美偏好接近，印象深刻。
+
+所以于我而言，凭借一张文献卡片决定是否收藏就三个标准：研究领域相关程度、感兴趣程度和对TOC插图的主观感觉。
+
+需要注意的是，这三个标准是递进的关系而非并列。因为刚开始一无所知的时候，肯定是跟实验室研究领域越相关的你越兴奋。到了一定程度之后，你了解了不少概念，知道了一些关键词，就会有感兴趣这个维度的偏好。再到后面，或许凭借一张TOC图你就能大致判断这个工作的价值和作者的研究水平。
+
+根据这三个标准，你可以不 miss 对你而言有价值的工作的前提下，大幅度降低第一阶段的文献数量（没错，很多文献你没有必要去阅读，能看一眼它的标题和TOC图已经很给面子了）。
+
+### 通过doi将收藏文献入库
+
+通过上述的「扫阅」方式和判断标准，基本上五秒的时间就过完一篇当期文献。收藏了之后，就可以进入到下一个环节。
+
+平时「扫阅」收藏的文献，包括其它途径获取的文献，比如微信公众号推送，小组成员在微信群里分享的等等文献。我都会找到 doi 号然后添加到 zotero 文献库中。我管这个操作叫做「入库」。
+
+![[Pasted image 20220323095442.png]]
+
+如上图所示，打开zotero， 点击界面中箭头所指图标，输入doi号之后，zotero会联网自动抓取该文献准确的条目信息，包括标题、作者、杂志、卷和页码等等。总之非常方便。
+
+需要注意的是，这样添加的文献条目属于「未分类条目」。如果你想把这篇文献添加到某一个你创建好的分类中，需要在添加之前选中分类文件夹。
+
+### 创建文献笔记
+
+![[Pasted image 20220323100108.png]]
+
+「入库」后的文献，需要及时创建文献笔记。如上图所示，右键点击文献条目，选择 Mdnotes，然后 Create Mdnotes file。这是，zotero 就会在你 vault 库的 `02-Reading/mdnotes` 目录下新建一条文献笔记。你可以点击 `00-MOC` 目录下的[[阅读清单]]查看未读文献表格。
+
+![[Pasted image 20220323100351.png]]
+
+这同样是通过 dataview 插件聚合笔记信息形成的表格。你可以点击 File 列中的文件名跳转到刚刚新建的文献笔记。
+
+![[Pasted image 20220323100513.png]]
+
+可以看到，这是按照一定模板生成的文献笔记。我**不建议你马上对该文献进行阅读**。什么事情都可以歇一歇才好。只要你不修改 `unread` 标签，它会一直停留在上面提及的未读文献表格中。
+
+### 锁定citekey
+
+接下来比阅读文献更加重要的事情，是锁定这篇文献的 citation key。
+
+![[Pasted image 20220323100904.png]]
+
+在创建了 mdnotes 之后，我建议你立即锁定这篇文献的 bibtex key，不然它后面随着文献库的增长会发生变化。这个情况会导致你在笔记中基于 citation key 的文献引用失效。
+
+可以发现，锁定了citekey 之后，会多一个📌的标记。如果你没有看到这一列。可以右键点击标题，然后把 citation key 打勾。
+
+![[Pasted image 20220323101407.png]]
+
+如果看不到这个选项，请确认 better bibtex 插件已经正确安装（参考[[../1-obsidian入门/zotero-obsidian联动配置]]）。
+
+
+```ad-warning
+请务必关联创建 mdnotes 和锁定 citekey 这两个操作，这样文献条目📌的标记还有助于你判断 mdnotes 是否创建。如果已经创建 mdnotes，后面就不要再创建了，否则会覆盖已有的文献阅读笔记，那就惨了。
+如果是批量连续生成 mdnotes 时遇到这种文件覆盖问题，可以将新生成的 mdnotes 文件名统一修改为 xxx.md，避免对已有文件的覆盖，同时不中断后面的 mdnotes 文件生成。
+```
+
+
+```ad-info
+title: 下节预告
+一篇科技论文往往需要经过很多轮的阅读，恭喜你已经完成了最初的最简单的一轮，即「收藏入库」。请一定要把好这第一关，否则你的「未读文献清单」会爆炸的。而下一节的内容，则是讲解处理这些「未读文献清单」并进入到「文献泛读」阶段。
+```
+
+---
+
+page:: 9

90-学习教程/99-黑曜石玩家指南/2-obsidian读文献/本章小结-恭喜习得内功.md

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+---
+title: 本章小结-恭喜习得内功
+date: 2022-03-27 08:28:30
+excerpt: 花了5天时间完成了第二章的内容，一共9节，感觉还是有点费劲的。
+tags: []
+rating: ⭐
+status: complete
+destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
+share: false
+created: 2025-08-30T11:45
+updated: 2025-09-22T13:27
+---
+
+若将学术圈类比于武侠小说中的江湖，那么读文献这个事情就像是修习内功。与来往的学术大佬交流也不难得知，他们的文献阅读量都是破万的水平。所以课题组素有「每日一文」的提倡，这样即便资质一般，凭着日积月累的功夫也能达到「内功深厚」的地步。
+
+所谓「读书破万卷，下笔如有神」。论文读得多，自然见多识广，对于目前研究的边界有比较清楚的认知，比如哪些问题是重要的，哪些问题已经被解决了，哪些问题还没搞定存在瓶颈。而且你会发现，越是前沿的越是学科交叉的研究，问题越多。这问题越多，idea 也就更多。有 idea 才能有课题。这个道理是如此简单，但是能坚持读文献的不多。
+
+一下子读一万篇文献显然是不可能的。我们只可能化整为零，每天读一点，争取十年读一万篇。
+
+为啥是十年呢？大家可以简单算一笔账。十年时间，五到六年硕博，再加上博后和青椒阶段，基本上你就成为了人类探索知识边界的先锋骨干，也就是真正的专家。真正的专家没能「破万卷」那只能称之为「砖家」了。
+
+十年大概三千六百五十天，平均每天三篇左右的阅读量，就能够实现这个目标。但如果你每一篇文献都画上一个小时去通读，一天三个小时也是非常难的事情。想想锻炼身体这个事情，每天能跑步半小时都是痴人说梦。
+
+所以在本教程提及的「读文献」流程中，其实把读文献这个事情划分了三个阶段：
+
+- [[入库文献泛读]]：也就是看看标题、摘要和TOC插图，有个初步印象
+- [[解析文章骨架]]：进一步看看标题和 introduction，争取提炼文章骨架
+- [[主题阅读与比较阅读]]：同类主题一起读，比较 results 和 methods等诸多血肉
+
+事实上对于一个「破万卷」的专家而言，一万篇的数量只是他收入库中的总文献数量。他真正精读过的文献可能就百来篇，解析过文章骨架的可能有数千篇，剩下的大部分都只停留在一个初步印象的阶段。
+
+但这并不是意味着「破万卷」的说法作不得数。因为一个具体的研究领域中，真正有东西的好文章并不多。读懂读透了这些精品文章，剩下的很多文章你只需要泛读一下，也可以有很高的理解度。而从理解程度这个角度来说，「破万卷」是毫不夸张的。
+
+那何直接问导师或者大牛讨要这些精品文章进行研读？但我估计你得到的会是一篇重量级的综述。就像我在[[重要综述如何阅读]]中所说，即便是这样的综述，也不是需要通读所有内容的。因为时过境迁，你的研究领域和重心都会与旁人不同。
+
+而且根据自己实际情况而广泛阅读并加以甄选，才是真正的「授之以渔」，让你的学术判断力和学术品位得到真正的提升，从而完善自己独特的研究领域下的文献积累。
+
+对于国内绝大部分按部就班从大学毕业然后读研究生的同学，实际情况可能是一进实验室就被当民工使，各种学习实验操作技能，然后把实验做起来，给已经在做的课题打下手。根本没有你自己按部就班从看文献出发不断思考提炼，做自己提出的课题的机会。其实这并不要紧，时机到了自然水到渠成。所以这不能成为你不读文献，思考自己后面要研究什么的理由。
+
+而且「纸上得来终觉浅」，尽早动手，参与到课题当中，积累实践经验体会，更能够激发你阅读文献的动力。
+
+比如某个实验做不出来，做不好，折磨了你一两周，你自然对于能够提供帮你解决问题的文献趋之若鹜，都不用导师三令五申你去读文献。
+
+除了激发阅读动力，同时也能提供具体的限制条件帮助你筛选近期要精读的文献，因为你阅读文献就是要解决眼前的问题。我相信已经开始做实验的同学应该有所体会。
+
+「尽信书则不如不读书」，参考文献上说的也不一定都对，你如果不做实验，仅仅凭着作者精心编织的逻辑来判断，多多少少会被带到沟里去。另外文献终究只有几句话，你如果不做实验，没有在一线战斗的切身体会，也很难把握其中的艰辛，判断文献的难度或者重量。
+
+所以要成为一流高手，终究是要内外双修的。在接下来一章中，我就具体介绍如何使用 obsidian 做课题，实现对「实验记录」、「试剂耗材」、「数据分析」甚至「论文草稿撰写」等具体环节的信息整合管理。
+
+---
+
+page:: 17

90-学习教程/99-黑曜石玩家指南/2-obsidian读文献/解析文章骨架.md

@@ -0,0 +1,89 @@
+---
+title: 解析文章骨架
+date: 2022-03-25 08:28:51
+excerpt: 感觉更多在讲怎么读文献，obsidian的操作就是插入模板而已。
+tags: []
+rating: ⭐⭐
+status: complete
+destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
+share: false
+created: 2025-08-30T11:45
+updated: 2025-09-22T13:27
+---
+
+```ad-info
+title: 友情提示
+此节内容主要涉及使用模板，方便在文献笔记中填充格式化内容。
+```
+
+### 文章三要素
+
+第一次阅读原文时，应当尽快明了文章的骨架。那么什么是文章的骨架呢？
+
+对于一篇创新性研究论文，按照我老师的说法，其骨架就是三个要素：「novelty」，「significance」和「potential」。
+
+所以刚开始看一篇文章，一定要带着如下三个问题去搜寻答案，而不是通读全文：
+
+- 创新点（novelty）究竟是什么？注意论文必然有创新之处，否则无法发表。
+- 有什么研究意义（significance）？研究意义通常是文章工作要解决的具体的问题所带来的。
+- 发展和应用潜力（potential）如何？牵一发而动全身，这个工作能促进哪些领域的发展？
+
+值得一提的是，novelty（因为对于发表文章是必要的）所以多少比较清晰，但是 significance 和 potential，很多工作就是在说一些套话或者泛泛而谈。
+
+所以在阅读原文时也不要过分依赖于文中怎么说，有时候也要自己结合已有知识储备主动去思考。说不定就能发现作者「丢了西瓜，捡了芝麻」。
+
+### 插入文章骨架模板
+
+简单介绍了「文章三要素」之后，那么对于我们这一个环节的阅读，最主要的目标就是在文献笔记中填写「文章骨架」的内容。
+
+你可以打开某篇文献的笔记，如果按照流程，它应当显示在你的[[阅读清单#近期已阅]]的表格中了：
+
+![[Pasted image 20220325085404.png]]
+
+光标移动到笔记末尾后，可以快速插入「概括文章骨架」模板：
+
+![[Pasted image 20220325085729.png]]
+
+具体操作如上图，在左侧边栏最上边的按钮，也就是「Templater」插件按钮，点它（或者按快捷键`Alt+E`）。然后弹出一个对话框列表，里面有很多模板，点击「概括文章骨架」，即可在文献笔记光标所在位置插入已经做好格式的内容。
+
+```ad-tip
+这就是 Templater 插件的基本使用方法，后面插入任何模板都可以这样做。
+```
+
+![[Pasted image 20220325085941.png]]
+
+如果你还有印象的话（详见[[入库文献泛读]]），就会按照模板生成的内容中， novelty、significance 和 potential 后面都带有两个冒号，是给 dataview 插件聚合信息用的。
+
+填写的方式如同前面的 `comment:: `，在双冒号之后输入空格之后，再写具体的内容。
+
+### 文章骨架怎么写？
+
+本质上，文章骨架是对初读印象的进一步补充。前面提到，初读印象可作为文献标题的对应。所以**文章骨架也可以作为文献摘要的对应**。
+
+一篇好的文章，其实已经在摘要中把 novelty、significance 和 potential 进行了概括性描述。
+
+还是那句老话，如果这篇文章属于你小领域的，那么你就会更容易理解它的这个三要素。这个时候提炼文章骨架更多实对摘要的翻译。当然，这个东西是写给自己看，巩固印象的。所以重要的事情再说一遍，不要写套话废话，照抄照搬。
+
+如果摘要不是看得很懂，那么你就需要进一步阅读 introduction，里边会对文章具体要解决什么问题和瓶颈，采用了什么方法策略，得到了什么结果，具有什么意义和潜力等有更详细的说明。
+
+如果 introduction 看了还是读不懂 novelty、significance 和 potential 是什么，我建议你可以采取以下方式（已按优先级排序）进行操作：
+
+1. 根据 introduction 中的引用文献进行溯源搜索，因为一些概念方法，会在被引用的原文中有更详细的说明。但是溯源需要时间，请结合实际情况合理操作，适可而止。
+2. 找你的师兄师姐甚至导师询问，注意问题要具体。比如针对创新性方面的疑问，「师兄，你看这篇文献要攻克巴拉巴拉的问题，这个问题有其它的解决方案吗？这篇文章这种解决方案有啥优势劣势呢？」
+
+![[Pasted image 20220325093756.png]]
+
+说了这么一大堆，直接上例子。基本上填写这三要素的内容，都可以在文章摘要中找到。然后一定要注意，**这不是做什么题目，没有所谓的对错，就按照你自己的理解来**。比如这篇文章，我就觉得它新奇的地方，是把兔子3D打印所需的信息存储到DNA中制作材料，然后3D打印成一只兔子，然后从兔子上扣一点下来读取信息，又可以打印一只一模一样的兔子。
+
+当然了，这里我只是给读者解释，所以对创新点描述得啰里啰唆的。事实上在填写三要素时，请尽可能简洁明了，哪怕只是关键词就行。因为这是给你自己看的，只要你能根据这些关键词重新唤醒对于这篇文章的记忆就行。
+
+无论因为什么原因而阅读原文，解析文章骨架都是必要的（abstract+introduction），要不然就不读。做完了这一步之后，就是按照读者各自需求进一步阅读了。比如了解和评价更为具体的结果（读 results），或者学习实验方法和数据处理方法（读 methods），甚至欣赏学习作者的思辨过程（读 discussion），其实都可以在批注中搞定（参见[[进一步阅读原文#阅读原文并批注]]）。
+
+```ad-info
+title: 下节预告
+对于单篇研究性原创论文的阅读就介绍到这里。但实际上我们还会看一些综述。综述的读法跟论文又不大一样，目的更不一样，所以我们的操作也有不一样的地方。
+```
+
+---
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90-学习教程/99-黑曜石玩家指南/2-obsidian读文献/跟踪领域内大牛.md

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+---
+title: 跟踪领域内大牛
+date: 2022-03-26 19:25:09
+excerpt: 这部分内容写起来比较轻松。
+tags: []
+rating: ⭐⭐⭐
+status: complete
+destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
+share: false
+created: 2025-08-30T11:45
+updated: 2025-09-22T13:27
+---
+
+```ad-info
+title: 友情提示
+这一节的内容主要是展示作者排序和展示双链笔记主打的关系图谱。
+```
+
+### 作者统计排序
+
+![[Pasted image 20220326192742.png]]
+
+为了方便本教程用户轻松 follow 大牛，我在 `00-MOC` 中放了一个 [[AuthorRanking]] 的页面，如上图所示，你可以在预览模式下点击`🐼作者统计` 的按钮，然后会在按钮下方基于你个人文献库的统计结果自动生成或更新作者排序列表。
+
+### 创建大牛页面
+
+![[Pasted image 20220326193044.png]]
+
+[[AuthorRanking]] 页面切换到编辑模式，你会发现作者名其实就是双链。如果局部预览没有显示，那么你可以按住 Ctrl 点击这个双链直接创建大牛页面，它会以[[草稿模板]]生成新的页面。你可以按照自己的喜好随意去填充内容（也可以照着`key:: value`格式填写方便 dataview 解析）。比如大牛的照片，代表作，单位，诸如此类。
+
+然了，你完全可以每隔一段时间点一下按钮，对这个作者排序页面进行更新。而这种更新完全不会影响你已经创建的大牛页面的内容。
+
+### 查看大牛的相关文献
+
+![[Pasted image 20220326193758.png]]
+
+你可以点击新建的大牛页面的选项，然后选择「打开局部关系图」，就可以看到大牛发表的被你收录的所有文献的文献笔记。如上图所示，就是一个典型的所谓双链笔记的局部关系图谱。
+
+![[Pasted image 20220326194055.png]]
+
+注意，这个是自动生成的。因为每一个mdnote 文献笔记，都包含了 authors 字段（如上图所示）。如果 author 的页面一旦被建立，就会生成这种网络链接。你可以点击关系图中任意一个节点，直接跳转到指向的文献笔记中。
+
+### 将大牛页面归档
+
+由于是从草稿创建，会默认保存至`01-Diary/每周事务`，你需要将其转移至 `02-Reading/3-people` 目录下，可以修改 front-matter 中的 destination 的值为 `02-3` ，等到后面周小结时统一批量自动归档，具体可参考[[../1-obsidian入门/obsidian撰写草稿#front-matter]] 和[[../1-obsidian入门/每周定期汇总小结#^0zs3cr]]。
+
+### 查看全局关系图谱
+
+通过「创建大牛页面」和前面提到的「引文列表」（详见[[主题阅读与比较阅读]]），会基于作者和文献自身的引用关系，生成高质量的个人文库的关系图谱。现在我们可以点击obsidian左侧边栏的「全局图谱」按钮，查看一下成果了：
+
+![[Pasted image 20220326194728.png]]
+
+存在于`02-Reading/3-people` 目录下的大牛页面在关系图谱中会被渲染成黄色的节点。而普通的 mdnote 文献笔记是浅绿色。至于主题阅读笔记（2-topics）则成为深绿色。此外我还设置了日志、周小结的渲染样式。通过这个关系图谱可以对整个 vault 文库有一个直观的了解。
+
+值得一提的是，这个关系图谱可以按照时间顺序生成动画，起初我就是不知道在哪里看到这种酷炫的效果被吸引而来。但是后来在实际的使用过程中，发现查看全局图谱的频率低得令人发指。所以我就不再制作这样的动图来哄骗小朋友了。
+
+```ad-info
+title: 下节预告
+文献阅读方面的介绍到此基本结束。文献阅读的目的归根结底还是要「触及知识边界」，找寻到别人还未解决的问题，提出你自己创新的方案。所以我们一开始就是为「开题」准备的。开题了，就是要做具体的课题项目了。这个就包括实验报告、物资管理等项目相关的工作流程，我会在下一章进行说明。
+```
+
+---
+
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90-学习教程/99-黑曜石玩家指南/2-obsidian读文献/进一步阅读原文.md

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+---
+title: 进一步阅读原文
+date: 2022-03-24 17:40:52
+excerpt: 感觉更多是对 zotero 的介绍了。
+tags: []
+rating: ⭐
+status: complete
+destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
+share: false
+created: 2025-08-30T11:45
+updated: 2025-09-22T13:27
+---
+
+```ad-info
+title: 友情提示
+好记性不如烂笔头，不管用什么策略去阅读原文，没有什么比直接在pdf上做批注更爽快了。
+```
+
+### 下载原文并入库
+
+![[Pasted image 20220324174642.png]]
+
+你可以在 zotero 库中，右键单击你想要查看原文的文献条目，先选择「在线查看」，然后会自动打开浏览器并跳转到文献的网页。
+
+下载原文的方式很多，无论是 open access，抑或你单位购买了期刊，还是自己用 「诶思西哎哈博」，总之从浏览器下载 pdf 时务必记得保存到桌面。
+
+pdf下载完成后，不用管它，再在 zotero 中右键点击这个文献，选择 Attach New File。这个时候，zotfile 插件会自动将刚刚下载到桌面的 pdf 重命名，然后移动到 `08-Assets\pdfs` 目录下，并在该文献条目记录下生成相对链接。
+
+### 阅读原文并批注
+
+![[Pasted image 20220324175232.png]]
+
+zotero 6.0 版本已经内嵌了一个非常好用的 pdf 阅览批注功能。当你附加了 pdf 到文献条目后，双击就可以在 zotero 中浏览原文。如上图所示，界面非常简洁，包含必要的标注工具。
+
+如果你无法打开 pdf，可能是插件配置有误（详见[[../1-obsidian入门/zotero-obsidian联动配置#zotfile插件安装和设置]]）。
+
+### 保存批注到pdf文件
+
+zotero 默认把批注内容存储于自身的数据库（可以云同步），但是这样容易造成丢失，而且当你给别人 share 这篇原文时，pdf中的标注对方是看不到的。
+
+为了解决这个问题，我建议你养成习惯，把批注保存到 pdf 文件中。由于 zotero 采取的标准很好，所以别的 pdf 阅读器都可以正常查看这种批注。
+
+![[Pasted image 20220324175930.png]]
+
+具体而言，你只需要点击「文件」，然后选择「store annotations in file」，就可以把批注保存到 pdf 文件中。
+
+### 从批注创建笔记
+
+![[Pasted image 20220324180215.png]]
+
+当你在 pdf 中做了一些批注之后，你可以直接把所有的批注收集起来新建一个笔记。如上图所示，右键点击此文献条目后再点「Add Note from Aanotations」，选择做了批注的附件pdf，zotero 就会自动生成一个笔记。你可以在右侧边栏中看到其中内容，如下图所示。
+
+![[Pasted image 20220324180502.png]]
+
+### 将注释笔记存储到vault中
+
+![[Pasted image 20220324180623.png]]
+
+上一步生成的注释，同样是存储于 zotero 内部的，我们可以把它整合到自己的 obsidian vault 库中。具体操作就是右键单击这个新生成的注释文件，选择「Mdnotes > Export to markdown」。
+
+![[Pasted image 20220324181317.png]]
+
+你可以在 vault 库中看到这个新生成的注释文件，mdnotes 已经按照模板自动帮你建立好了指向该条目主文件的反向链接。
+
+值得说明的是，将标注内容存储于 vault 中的作用主要是你**可以全库搜索文献内的标注**，这有利于你直接发现文献的相互联系，适用于系统性主题阅读和比较阅读时快速抓取关键信息。
+
+不过被魔改以适配 zotero 6.0 的 mdnotes 插件似乎丢失了指向 zotero 的链接。所以从 vault 库中的这个文件里边，你无法再直接跳转回 zotero 中指定 pdf 内容的具体的被标注内容了。
+
+![[Pasted image 20220324182234.png]]
+
+但是在 zotero 中存储的注释，其链接仍然是有效的，你点击某条注释，选择「在页面显示」，就能够**直接跳转到 pdf 中被注释的区域**，这个功能可以说非常方便。
+
+特别注意，**在 zotero中可以直接搜索注释中的内容**。所以在使用一段时间后，我更多地把「将注释笔记存储到vault中」这种手段作为信息备份。
+
+### 关于pdf注释的建议
+
+由于pdf注释的特点，我并**不建议在注释中插入图片**什么的（虽然是可以的）。因为这样会让注释变得 heavy。相反，我更推荐使用一句话，加上若干标签的方式来完成注释。为了让 obsidian 能够自动抓取便签，你可以遵循简单的标签语法规则，就是在关键词前面加`#`，比如`#DNA`。为了清楚，标签应当在一句话描述之后独占一行，如果有多个标签用空格隔开，如：
+
+> 这是一段批注，用于演示被推荐的批注格式。
+   obsidian搞科研  
+
+
+```ad-info
+title: 下节预告
+本节内容主要讲的是原文阅读在软件使用层面的东西，掌握这套阅读注释的流程虽然能够比较轻松自然地把文献批注组织起来。但是真正能够提高原文阅读的效率，还需要有一定策略。
+可以说，**不同轮次阅读原文都应当有不同的目标**，就像我们在「文献速览」时解决的是判断某篇文献是否要「入库」，而在「文献泛读」时力求快速获取印象和标签。
+同样的，在第一次阅读原文时，我们千万不要去通读全文，而是根据一个具体的目标——「解析文章骨架」，去搜读原文。
+```
+
+---
+
+page:: 11

90-学习教程/99-黑曜石玩家指南/2-obsidian读文献/重要综述如何阅读.md

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+---
+title: 重要综述如何阅读
+date: 2022-03-25 10:44:04
+excerpt: 所谓的提高效率不过是从实际情况出发有所权衡和取舍。对于重要的文献和综述，再别无他法，只能是老老实实下苦功夫读懂读透。
+tags: []
+rating: ⭐⭐⭐
+status: complete
+destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
+share: false
+created: 2025-08-30T11:45
+updated: 2025-09-22T13:27
+---
+
+```ad-info
+title: 友情提示
+综述类文献的阅读与之前非常相似，在此部分内容中你将了解如何在obsidian中制作思维导图。
+```
+
+### 综述阅读的一般流程
+
+一般新加入团队的小朋友，导师或者师兄师姐会推荐一两篇文献。主要是目前课题高度相关的文献或者重要的综述。啥都不懂，你该怎么去阅读它们呢？通篇从头读到尾吗？
+
+对于这种「敲门砖」级别的文献。**如果有时间肯定是要通读多读，读透读懂的**。对于研究论文我前面已经仔细介绍了阅读的诸多环节。其实对于综述，首次见面还是一样的流程：
+
+1. 第一轮筛选就不需要了，可以直接入库，然后**阅读综述标题摘要，快速看看插图，获取对于该综述的大体印象**。相当于你要完成 comment，还有补充 tag，rating 之类的。这个步骤要争取在10分钟内完成。
+2. 第二轮也同样是「解析文章骨架」，但是却并不是去概括前面所提到的三要素，而是**根据综述的 introduction 和后面的小标题**，绘制一个简单的**思维导图**（对应了综述的大纲）。
+3. 第三轮也还是「按需搜索」，就是基于思维导图，思考**判断你实验室或者课题目前处于这张思维导图的什么位置（或者离得最近的）**。读完了 introduction 之后直接跳到这个部分仔细阅读。
+
+### 修改文献阅读笔记类型
+
+虽然流程大体相似，但在 obsidian 的笔记撰写操作上略有不同。
+
+![[Pasted image 20220325144654.png]]
+
+由于创建文献笔记时默认的 ptype 是 article（如上图所示），所以对于综述类，你需要手动修改 front-matter 中此项值为 review。完善 front-matter 信息有助于你后续的文献管理和信息聚合。
+
+### 制作思维导图
+
+研究论文通常都是 「narrow down」的逻辑结构：先说一个大的研究领域，然后圈出其中一部分指出问题，逐步聚焦到一个非常具体的小问题上。而综述可能刚好相反：就一个比较大的概念，不断延伸扩充各个子领域的研究进展。
+
+![[Drawing 2022-03-25 16.08.08.excalidraw]]
+
+%%上方是使用 Excalidraw 插件制作的手绘插图%%
+
+所以在解析综述的骨架上，你完全可以采取你熟悉的工具去绘制美观的思维导图再截图贴过来。但这里我推荐obsidian直接做思维导图，以保持整个工作流的连贯性。
+
+![[Pasted image 20220325152430.png]]
+
+obsidian中搞思维导图，利用了 Mind Map 插件，你只需要正常写内容就可以了。
+
+在综述文献笔记中，你可以按`Ctrl+Q`，在 quickAdd 命令面板中选择 `🧠思维导图`，根据模板创建新的页面。完成后按`Ctrl+Shift+E` 就可以看到自动解析出来的思维导图。然后直接截图贴到文献笔记即可。
+
+```ad-info
+title: 下节预告
+当介绍完如何阅读综述类文献之后，怎么读文献这个事情就差不多了。与写日志类似，这都是在生产一些知识碎片，接下来一定要定期的整理，然后有所总结。所以下一节内容对阶段性文献阅读小结作一定说明。
+```
+
+---
+
+page:: 13

90-学习教程/99-黑曜石玩家指南/2-obsidian读文献/阶段性文献阅读小结.md

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+---
+title: 阶段性文献阅读小结
+date: 2022-03-26 14:14:58
+excerpt: 写文献阅读的小结其实跟日志小结的思路是一样的。
+tags: []
+rating: ⭐⭐⭐
+status: complete
+destination: 03-Projects/黑曜石玩家指南
+share: false
+created: 2025-08-30T11:45
+updated: 2025-09-22T13:27
+---
+
+```ad-info
+title: 友情提示
+按照平均每天阅读一篇文献的最低标准，基本上一周就会积累不少零碎的阅读笔记了。这个时候一定要找个时间，定期撰写阅读小结。这是最浅层次地对已完成泛读（即完成[[解析文章骨架]]）的文献进行的整理回顾和思考。
+```
+
+### 创建文献阅读周小结
+
+你可以从每天的日志出发，在某一条 track，按 Ctrl+Q 打开 quickAdd 命令面板，选择「🍭阅读小结」快速按照指定模板（见[[每周文献小结]]）创建文献阅读小结。
+
+### 文献小结大纲与说明
+
+文献阅读小结使用模板继承自日志周小结，所以 front-matter 基本是一样的：
+
+![[Pasted image 20220326144211.png]]
+
+撰写完毕后注意对 front-matter 中的信息进行补充。
+
+![[Pasted image 20220326144253.png]]
+
+正文部分主要又三块，首先是近期阅读文献清单，也是继承自[[阅读清单]]，但是时间段已经固化，会显示文献小结创建时间倒推一周内的已读文献。
+
+基于前面一目了然的已读文献列表，我建议你可以写一下阅读这些文献之后，自己对于课题，对于所处领域以及各方各面的印象还比较深刻的收获。
+
+最后一部分，你可以思考下自己还有什么疑问需要继续阅读什么方面的文献。也可以思考基于已读文献，可能有什么新的idea。
+
+### 如何插入参考文献
+
+撰写文献小结的时候，不可避免地要插入参考文献。在 obsidian 中，你可以使用双链指向文献的 mdnote 文件。一般都是 `[[@citationKey]]`。
+
+![[Pasted image 20220326145616.png]]
+
+但实际操作过程中，我建议你再次进入到 mdnotes，查看具体的文献笔记内容，并且跳转到 zotero 中查看原文以及内部批注（**相当于复习**）。如上图所示，文献笔记中`Local library`后面的地址，可以按住 Ctrl 后鼠标左键点击，跳转到 zotero 中并预选中该条文献条目。
+
+![[Pasted image 20220326145841.png]]
+
+在 zotero 中选中要引用的条目，按`Ctrl+Shift+C`，就会生成该条文献的`[[@citationKey]]` 并复制粘贴板中，接下来直接到小结正文中粘贴即可。
+
+### 导出文献阅读小结为pdf
+
+![[Pasted image 20220326150413.png]]
+
+如果你导师或者实验室有要求定期提交文献阅读小结，可以直接点击该小结页面的「选项」，然后选择导出为PDF即可。
+
+```ad-info
+title: 下节预告
+已阅而未精读的文献会随着时间推移而越来越多。但不要慌，首先从没有必须精读每一篇文献的规定和必要，其次读文献的更重要的目的是解决困惑和产生idea。所以当有一定文献积累之后，就是时候进行更高级的主题和比较阅读了。
+```
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